1 postdoc en conception de protéines assistée par IA (H/F)

Description du Poste

Les Missions

Un poste de chercheur postdoctoral (H/F) est ouvert pour une durée de deux ans au sein de l'unité « Biologie Structurale Computationnelle », dirigée par le Dr Max Bonomi. Cette unité fait partie de l'UMR3528 CNRS et du Département de Biologie Structurale et Chimie de l'Institut Pasteur (Paris, France).

La personne recrutée aura pour mission principale de développer et d'appliquer des méthodes de pointe fondées sur l'intelligence artificielle pour la conception de protéines (protein design). Ces travaux seront menés en étroite collaboration avec des équipes expérimentales de l'Institut Pasteur ainsi que d'autres institutions de recherche, afin de répondre à des questions biologiques et de concevoir des protéines aux propriétés et fonctions spécifiques.

La personne recrutée sera également chargée de coordonner les collaborations scientifiques associées aux projets, de contribuer à l'analyse et à l'interprétation des résultats, ainsi qu'à leur valorisation sous forme de publications scientifiques et de présentations lors de conférences internationales. Elle participera activement à la vie scientifique de l'unité et au développement de nouvelles approches méthodologiques dans le domaine de la biologie structurale computationnelle.

L'Activité

- Développer, adapter et mettre en œuvre des méthodes de pointe basées sur l'intelligence artificielle pour la conception de protéines, notamment à l'aide de modèles génératifs, de modèles de diffusion et de modèles de langage protéique.
- Concevoir et optimiser des protéines présentant des structures, des propriétés ou des fonctions spécifiques, en fonction des objectifs scientifiques des projets.
- Mettre en place des pipelines computationnels intégrant la génération de séquences, la prédiction de structures et l'évaluation in silico des protéines conçues.
- Analyser et interpréter les résultats des simulations et des prédictions, et proposer des stratégies pour améliorer les performances des méthodes utilisées.
- Travailler en étroite collaboration avec les équipes expérimentales pour définir les objectifs de conception, sélectionner les candidats à tester et intégrer les résultats expérimentaux dans des cycles itératifs d'optimisation.
- Assurer la coordination scientifique et le suivi des projets collaboratifs avec les équipes de l'Institut Pasteur et d'autres institutions partenaires.
- Contribuer au développement, à la documentation et au partage des outils informatiques et des codes développés au sein de l'unité.
- Présenter les résultats lors de réunions scientifiques, de séminaires et de conférences internationales, et participer à la rédaction d'articles scientifiques.
- Participer à la vie scientifique de l'unité et contribuer à l'encadrement ponctuel d'étudiants et de stagiaires.

Votre Profil

Compétences

Nous recherchons des candidats titulaires d'un doctorat en biologie computationnelle, bioinformatique, biophysique, chimie, physique ou dans une discipline connexe.

Compétences essentielles :
- Solides connaissances en biologie structurale, biophysique ou modélisation moléculaire des protéines.
- Bonnes compétences en programmation, notamment en Python.
- Expérience dans le développement ou l'application de méthodes computationnelles pour l'étude des systèmes biomoléculaires.
- Expérience avec les outils de prédiction structurale et de conception de protéines (AlphaFold, RFdiffusion, ProteinMPNN, etc.).
- Capacité à travailler de manière autonome, à proposer des solutions innovantes et à mener des projets de recherche.
- Aptitude à travailler en équipe et à collaborer avec des chercheurs issus de différentes disciplines, notamment avec des équipes expérimentales.
- Bonnes compétences en communication scientifique, à l'écrit comme à l'oral, en anglais.

Compétences appréciées :
- Expérience en apprentissage automatique (machine learning) et en apprentissage profond (deep learning), notamment avec des frameworks tels que PyTorch.
- Connaissance des modèles génératifs pour les protéines, notamment des modèles de diffusion et des modèles de langage protéique.
- Expérience dans l'utilisation de ressources de calcul haute performance (HPC) et de GPU.
- Expérience dans la conduite de projets interdisciplinaires en collaboration avec des équipes expérimentales.

Votre Environnement de Travail

L'unité « Biologie Structurale Computationnelle », dirigée par le Dr Max Bonomi, fait partie de l'UMR3528 CNRS et du Département de Biologie Structurale et Chimie de l'Institut Pasteur à Paris.

Les activités de recherche de l'unité portent sur le développement et l'application d'approches de modélisation intégrative pour étudier la structure, la dynamique et les fonctions de systèmes biologiques complexes. L'unité développe également des approches computationnelles innovantes, notamment fondées sur l'intelligence artificielle, pour la conception de protéines aux structures et fonctions spécifiques.

L'équipe est composée d'une dizaine de chercheurs aux compétences interdisciplinaires en physico-chimie, biologie structurale computationnelle et informatique, favorisant un environnement de recherche collaboratif à l'interface de plusieurs disciplines.

La personne recrutée sera placée sous l'autorité hiérarchique du Dr Max Bonomi, responsable de l'unité « Biologie Structurale Computationnelle ».

L'équipe est située sur le campus de l'Institut Pasteur, dans le 15e arrondissement de Paris. Le campus est facilement accessible en transports en commun, notamment par les lignes de métro 6 et 12 (station Pasteur), ainsi que par plusieurs lignes de bus. Un service de restauration collective est disponible sur le campus pour les personnels de l'Institut Pasteur.

Contraintes et risques

Pour toute question, veuillez contacter Dr Max Bonomi (mbonomi@pasteur.fr).

Rémunération et avantages

Rémunération

Le salaire brut mensuel est comprise entre 3 131,32€ et 4 341,70€ bruts mensuels selon expérience

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

À propos de l’offre

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.

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