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Portail > Offres > Offre UMR144-FRAPER1-001 - Ingénieur admistrateur de base de données et logiciels H/F

Ingénieur admistrateur de base de données et logiciels H/F


Date Limite Candidature : mardi 28 septembre 2021

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Informations générales

Référence : UMR144-FRAPER1-001
Lieu de travail : PARIS 05
Date de publication : mardi 7 septembre 2021
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 18 mois
Date d'embauche prévue : 1 octobre 2021
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2151€ et 2422€
Niveau d'études souhaité : Bac+5
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Installer BioImage-IT, une solution de gestion et d'analyse d'images de microscopie sur les différentes plates-formes de l'Infrastructure Nationale en Biologie-Santé « France BioImaging-FBI », recueillir les nouveaux besoins, et définir les nouveaux développements de BioImage-IT.

Activités

- Déployer BioImage-IT sur les nœuds de France-BioImaging (FBI)
- Former les ingénieurs des plates-formes à l'utilisation de BioImage-IT
- Recueillir des besoins des plates-formes pour l'évolution de BioImage-IT
- Organiser les priorités des développements de BioImage-IT
- Rédiger un cahier des charges
- Fournir une assistance fonctionnelle et technique aux plates-formes
- Réceptionner, installer, documenter, mettre à disposition les outils d'analyse d'images en assurant le suivi des versions
- Rédiger des documentations
- Veille technologique sur l'évolution des outils d'analyse de données
- Veille technologique sur l'évolution des bases de données de stockage d'images scientifiques
- Participer à la mise en place d'un plan de formation pour les futurs formateurs
- Participer à la création d'une communauté « BioImage-IT »

Compétences

- Solides connaissances et maîtrise des systèmes de packaging logiciel (Conda, pip, Docker, Singularity)
- Savoir-faire opérationnel en écriture de chaines de traitement d'analyse de données en Python
- Bonne connaissance des outils généraux de développement en analyse de données (matlab, scipy, keras ou pytorch) et des logiciels dédiés à la biologie (Omero, Fiji, Icy, Napari)
- Connaissance des protocoles expérimentaux en acquisition de données de biologie, et notamment en microscopie.
- Savoir-faire en gestion, analyse et traitement des données de biologie
- Script Shell: Windows et Linux
- Réelle capacité et appétence à communiquer en français et en anglais avec des publics variés

Contexte de travail

France-BioImaging (https://france-bioimaging.org/; https://www.enseignementsup-recherche.gouv.fr/cid70554/la-feuille-de-route-nationale-des-infrastructures-de-recherche.html ) est L'infrastructure Nationale en Imagerie Biologique et le Nœud français de L'infrastructure Européenne EuroBioImaging. Elle est composée de plus de 24 plateformes de microscopie, réparties sur 6 Nœuds géographiques et un nœud transverse pour la gestion, le traitement et l'analyse des données, sous la tutelle principale du CNRS.
L'ingénieur intégrera l'équipe Jointe STED/SERPICO Inria-UMR 144 CNRS. Il sera en poste à l'UMR 144 mais se déplacera fréquemment (1semaine/mois en moyenne) dans les locaux de l'Inria –Rennes Bretagne Atlantique. Il intégrera une équipe de 3 ingénieurs et 4 chercheurs, sera sous la responsabilité directe de l'IR développeur de BioIMage-IT et hiérarchiquement sous celle des deux DR1 de l'équipe. De par ses rôle et activités il sera en interaction continue avec les responsables des plateformes de FBI et sera appelé à se déplacer ponctuellement vers les nœuds de l'infrastructure où ces plateformes sont situées.

Contraintes et risques

Contrainte de continuité de service
Déplacements sur le territoire

Informations complémentaires

Description de BioImage-IT (https://bioimageit.github.io)
Plateforme prototype de gestion et d'analyse d'images (algorithmes en langage de programmation hétérogènes) pour la biologie cellulaire et recherche médicale (e.g., cancer) selon les principes FAIR d'interopérabilité et de traçabilité. Système de gestion de base de données noSQL et encapsulation d'outils d'analyse (Docker, Conda) incluant les technologies de l'Intelligence Artificielle (IA).

Pour tout renseignement, merci de contacter Sylvain Prigent (sylvain.prigent@curie.fr) ou Jean Salamero (salamero@curie.fr)

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