Missions

L'ingénieur.e sera responsable du développement de nouvelles fonctionnalités et de l’intégration des données dans les portails web déployés dans le cadre du programme ATLASea.

Activités

- Contribuer au développement et au maintien des services et interfaces Web pour les données du programme ATLASea.
- Développer de nouvelles fonctionnalités pour améliorer la visualisation des données, faciliter leur analyse au sein des portails, accroître l’interopérabilité entre les différents portails et outils.
Intégrer de nouvelles données (génomique, annotations) dans les portails web ATLASea.
- Interagir avec les groupes de recherche participants au programme ATLASea et les ingénieurs de la plateforme ABiMS pour définir et affiner les besoins futurs.
- Opérer la diffusion et valorisation des résultats et réalisations technologiques sous forme de rapports, publications, présentations orales.

Compétences

Diplôme de master ou équivalent dans une discipline informatique ou bioinformatique
Bonne connaissance des environnements de développement intégré (type PyCharm ou Visual Studio) et systèmes Linux
Bonne connaissance en programmation web (Python, JavaScript, CSS, API Rest) et frameworks associés (Django/VueJS).
La connaissance du gestionnaire de version Git et des technologies Devops de type Docker et GitLab CI/CD serait un atout.
Familiarité avec le traitement de données de séquences génomiques et les méthodes d'analyse
Intérêt pour la bioinformatique et le génomique
Anglais parlé et écrit
Rigueur scientifique, aptitudes organisationnelles
Aptitudes relationnelles et goût pour le travail en équipe

Contexte de travail

Localisation du poste: Station Biologique de Roscoff
Horaires adaptés à l'organisation du travail
Temps de travail: 38h30 par semaine et 45 jours de congés annuels
Possibilité de faire du télétravail
Déplacements à prévoir entre les différents sites de la Station et sur les sites des équipes partenaires (Rennes, Paris, Plouzané)


L’Institut Français de Bioinformatique (IFB ; france-bioinformatique.fr) est une infrastructure nationale qui regroupe 35 plateformes et équipes de recherche en bioinformatique, et une unité coordinatrice, IFB-Core (UAR 3601). L’IFB déploie sur l’ensemble du territoire national des services en bioinformatique : infrastructure de calcul, logiciels et bases de données, analyse des données biologiques, gestion des données, formations. L’IFB participe au PER ATLASea

ATLASea (www.atlasea.fr) est un programme focalisé sur la génomique de la biodiversité marine le long des côtes françaises. Piloté par le CNRS et le CEA, il inclut de nombreuses institutions partenaires en France et s'intègre dans un large contexte international.
Le programme s'étendant sur 8 ans (2023-2031), échantillonne la biodiversité marine sous la coordination du MNHN à travers des expéditions et avec l'aide des stations marines. Le séquençage et l'assemblage des génomes sont réalisés au Genoscope sous la coordination de France Génomique. Les données sont gérées, analysées et mises en accès dans des portails web sous la coordination de l'Institut Français de BioInformatique (dans le cadre du projet BYTE-Sea).
Le/la candidat.e travaillera en étroite collaboration avec le coordinateur du projet BYTE-SEA, la responsable des développements de portail et le correspondant IFB au sein de BYTESea. Il/elle interagira avec les ingénieurs de la plateforme et avec les partenaires impliqués dans le programme (IFREMER-SeBiMer (Plouzané), GenOuest (Rennes), IFBcore (Paris) , ENS Ulm (Paris), MNHN (Paris) et Genoscope (Evry))