Missions

Dans le cadre du projet Mutualized Digital Spaces for FAIR Life and Health Sciences (MUDIS4LS, PIA3 ESR/Equipex+), l’IFB recrute un ingénieur bioinformaticien à Villeurbanne (plateforme bioinformatique PRABI), pour mettre en place des ressources bioinformatiques utiles pour appliquer le calcul à haute performance (HPC) et l'intelligence artificielle (AI) aux données de biologie.

Activités

- Assurer un rôle de conseil et d'expertise auprès des chercheurs.ses et développeurs.ses des applications bioinformatiques du projet pour leur description logicielle et l'évaluation de leurs besoins.
- Analyser les besoins et piloter le déploiement des logiciels et pipelines bioinformatiques du projet sur les ressources de calcul HPC/AI.
- Organiser et superviser l’intégration des données du projet avec un plan de gestion (PGD).
- Évaluer les performances des solutions logicielles des applications scientifiques.
- Superviser le maintien des solutions logicielles en condition opérationnelle.
- Définir et mettre à niveau les documentations techniques et fonctionnelles.
- Effectuer une veille technologique.
- Assurer l’assistance aux partenaires du projet.
- Former les utilisateurs à l'utilisation des solutions logicielles déployées.
- Organiser les réunions du projet.

Compétences

Master en bioinformatique ou informatique souhaité

Maîtrise générale des outils logiciels standards en Bioinformatique.
Maîtrise des formats de données en Bioinformatique.
Maîtrise des environnements Linux et des langages (shell, python, R).
Maîtrise des outils de gestion de versions des codes source déploiement continu (git, GitLab, GitLab CI/CD)
Connaissance des gestionnaires de workflow courants en bioinformatiques (nextflow, snakemake).
Connaissance des environnements de calcul liés au calcul haute-performance (HPC) et en intelligence artificielle (AI).
Connaissance des techniques de conteneurisation (apptainer/singularity, docker, podman)
Compréhension de l'anglais oral et écrit : B1 à B2 (cadre européen commun de référence pour les langues).
Capacité à travailler en mode projet et en équipe.
Réactivité, autonomie, initiative, rigueur.
Sens de l'organisation.
Esprit d'équipe et sens de la collaboration.
Capacité à travailler en réseau, avec les outils numériques modernes (messagerie instantanée, visioconférence).

Contexte de travail

Le poste sera localisé sur la plateforme du PRABI à Villeurbanne.

L’Institut Français de Bioinformatique (IFB ; france-bioinformatique.fr) est une infrastructure nationale qui regroupe 35 plateformes et équipes de recherche en bioinformatique, et une unité coordinatrice, IFB-Core (UAR 3601). L’IFB déploie sur l’ensemble du territoire national des services en bioinformatique: infrastructure de calcul, logiciels et bases de données, analyse des données biologiques, gestion des données, formations.

Le projet Mutualized Digital Spaces for FAIR Life and Health Sciences (MUDIS4LS, PIA3 ESR/Equipex+) finance l’équipement de l’ensemble du réseau national de ressources computationnelles (NNCR) de l’IFB, et des développements innovants pour faciliter la gestion des données, et l’appui aux communautés des sciences du vivant (microbiologie, santé, agronomie, environnement).

Dans ce contexte, l’IFB recrute un ingénieur bioinformaticien en déploiement d'applications sur des ressources haute performance et en intelligence artificielle pour mettre en place des ressources bioinformatiques utiles pour appliquer le calcul à haute performance (HPC) et l'intelligence artificielle (AI) aux données de biologie (une expérience en HPC et/ou en IA sera appréciable).

La plateforme PRABI-AMSB propose des services bioinformatiques pour les biologistes qui ont besoin d'une assistance avec des outils spécifiques ou d'une expertise approfondie pour des projets plus importants. L'expertise disponible à PRABI-AMSB couvre les domaines suivants : Données d'expression (RNA-seq), données d'interaction (ChIP-seq, Tap-tag/MS, Yeast Two Hybrid screens), métagénomique et métatranscriptomique, génomique et phylogénie comparées, assemblage et annotation de génomes et biologie des systèmes (réseaux métaboliques, d'interaction et de régulation des protéines).
La personne recrutée sera formée à son arrivée aux outils et techniques mis en œuvre au sein d'une infrastructure de calcul scientifique. Elle s'intégrera dans son équipe d'accueil, et participera, sur site et en télétravail, aux groupes de travail de l'IFB pertinents pour sa mission. Le travail nécessitera des déplacements occasionnels en France et à l'étranger pour participer à des réunions, des formations ou des événements.