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Ingénieur ou ingénieure de recherche en analyse de données (H/F)


Date Limite Candidature : vendredi 10 février 2023

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Informations générales

Référence : UAR3426-EDIDEM0-055
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : MONTPELLIER
Date de publication : vendredi 20 janvier 2023
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 18 mois
Date d'embauche prévue : 1 avril 2023
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Entre 2 609 € et 2 796 € bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Bac+5
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

o Construire des collections de données ouvertes d'images de microscopie pour les défis d'apprentissage en profondeur.
o Favoriser la réutilisation des données dans la communauté bio-image.
o Connecter les biologistes et les experts en analyse d'images.

Activités

o Identifier, définir, exposer les principaux défis de l'analyse de bioimages.
o Recruter et encourager les chercheurs à partager leurs images avec les principes FAIR
o Organiser des compétitions R&D (voir kaggle data science bowl 2018 pour un exemple) qui utilisent les collectes de données créées et mobilisent la communauté internationale : communiquer (newsletter, site internet, Twitter, etc.), définir le déroulement des compétitions, développer leurs outils informatiques, organiser l'événement, identifier et évaluer les résultats des participants.
o Surveiller les initiatives similaires dans la communauté nationale et internationale, en particulier en Europe.
o Participer au développement d'une librairie de benchmarks de dataset en imagerie en biologie
o Échanger avec la communauté internationale de la microscopie ouverte.

Compétences

o Connaissances Approfondies:
- Expérience dans la gestion des données et des métadonnées, l'intendance des données, l'ingénierie des données.
- Connaissance théorique et pratique de l'apprentissage profond sur des données d'imageries

o Connaissances Générales:
- Une expérience en développement frontend est un plus.
- Langages de programmation : connaissance de Python, Javascript est un plus.
- Une expérience avec les données biologiques est un plus.

o Compétences Opérationnelles:
- Excellentes compétences en communication.
- Anticiper les évolutions fonctionnelles et techniques
- Expliciter les besoins et les prioriser
- Jouer un rôle de conseil ou d'aide à la décision
- Administrer un système de base de données
- Communiquer et faire preuve de pédagogie
- Accompagner les changements
- Travailler en équipe

Contexte de travail

France Bio-Imaging – FBI - (https://france-bioimaging.org) une infrastructure de recherche distribuée, à la croisée de la biologie moléculaire et cellulaire, de la biophysique et de l'ingénierie, des mathématiques et de l'informatique. Cette infrastructure unique rassemble plusieurs grandes plateformes d'imagerie biologique et des équipes de recherche spécialisées dans la recherche et le développement pour l'imagerie, dans 6 nœuds locaux et un nœud transverse "Image Processing and Data Management". L'infrastructure a récemment mis en place un plan de gestion de données, reposant sur la mise en place coordonnée de base de données images sur les Méso-centres régionaux.

L'agent sera localisé au sein d'une équipe R&D ICAR (http://www.lirmm.fr/icar/) du laboratoire d'Informatique, de Robotique et de Microélectronique de Montpellier – LIRMM – (http://www.lirmm.fr ). Des déplacements réguliers (mensuels) dans les autres nœuds (Paris, Paris Sud, Bordeaux, Nantes, Marseille) sont à prévoir.

La plate-forme d'imagerie Montpellier Ressources Imagerie (MRI, www.mri.cnrs.fr) est l'une des 16 plateformes technologiques de l'Unité d'appui à la recherche BioCampus Montpellier. La plateforme MRI offre des équipements (84 instruments) et une expertise (32 personnes) dans les domaines de la microscopie optique, de la cytométrie de flux, de la tomographie à rayons X et de l'imagerie à haut débit. Elle est utilisée par environ 850 utilisateurs chaque année. MRI est membre de l'infrastructure France BioImaging.

L'institut de Science des Données – ISDM - (https://isdm.umontpellier.fr ) a pour objectif de fédérer et d'animer l'ensemble des structures et des acteurs œuvrant pour le développement de la science des données. Il concourt :
● à la définition d'une politique des données de la recherche harmonisée en matière de science ouverte et données de la recherche ;
● à l'accompagnement des structures de recherche et de projets nécessitant des compétences autour des données ;
● à la diffusion, l'animation et la formation en science des données ;
● à la mise en œuvre d'une offre de services numériques en s'appuyant sur la plateforme Meso@LR qui dispose d'une offre “calcul”, “données” et “Cloud”.

Ce projet porté par l'infrastructure FBI est en partenariat avec le LIRMM, MRI, ISDM et MESO@LR et un groupe de travail distribué dans les différents nœuds de FBI.

Contraintes et risques

travail sur écran

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