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Portail > Offres > Offre UAR3426-EDIDEM0-032 - Ingénieur en ingéniérie logicielle (H/F)

Ingénieur en ingéniérie logicielle (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : vendredi 13 août 2021

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Informations générales

Référence : UAR3426-EDIDEM0-032
Lieu de travail : MONTPELLIER
Date de publication : vendredi 2 juillet 2021
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 24 mois
Date d'embauche prévue : 1 octobre 2021
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Entre 2 109 € et 2 642 € brut mensuel selon diplôme et expérience
Niveau d'études souhaité : Bac+5
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

Participer aux activités de développement, intégration, et déploiement du logiciel cloudFISH dans le respect du cahier des charges.

Activités

- Rédiger et mettre à niveau les documentations techniques et fonctionnelles
- Développement
- Concevoir et paramétrer tout ou partie de la solution logicielle
- Développer et tester des classes et composants
- Élaborer la stratégie de test, concevoir, spécifier et exécuter des tests fonctionnels et/ou techniques
- Intégration des logiciels existants
- Créer et tester les packages applicatifs et les scripts de déploiement en production
- Déploiement
- Réceptionner, installer, documenter, mettre à disposition les packages en assurant le suivi des versions
- Assurer une assistance fonctionnelle et/ou technique aux exploitants et aux utilisateurs
- Concevoir les actions de formation techniques et fonctionnelles
- Animer et encadrer des ingénieurs de plateforme et utilisateurs.

Compétences

- Le candidat aura une expertise en programmation Python.
- Une expérience de la programmation Web, de l'analyse d'images, deep learning, du déploiement d'applications serveur avec des conteneurs sera un avantage mais n'est pas obligatoire.
- Les candidats doivent exprimer un vif intérêt à travailler à l'interface entre l'informatique, la physique et la biologie.

Contexte de travail

CloudFISH est un consortium regroupant les laboratoires de Marcelo Nollmann (CNRS Montpellier), Florian Mueller (équipe Zimmer, Institut Pasteur) et Thomas Walter (Mines Paristech). Nos groupes développent des technologies basées sur l'imagerie pour visualiser l'ADN et l'ARN avec une haute résolution spatiale, dans le but de comprendre la régulation transcriptionnelle et l'organisation du génome. Nos développements passés incluent FISH-quant, un progiciel pour la détection sous-cellulaire d'ARN à partir d'images FISH de molécule unique (Mueller, 2013), Hi-M, une méthode basée sur l'imagerie multiplexée pour tracer l'architecture de la chromatine et le statut transcriptionnel dans des cellules individuelles. (Cardozo, 2019) et des approches basées sur l'apprentissage en profondeur pour identifier les modèles de localisation des ARNm (Dubois, 2019). L'objectif de cloudFISH sera de créer et de déployer des outils conviviaux et évolutifs pour analyser les données RNA-FISH et DNA-FISH multiplexées à l'aide d'approches d'apprentissage en profondeur avec des serveurs informatiques distants. Le candidat intégrera le groupe de Marcelo Nollmann (Montpellier) pour travailler sous sa supervision.

Contraintes et risques

Travail sur écran

Informations complémentaires

Publications
Mueller, et al., Nat Methods. 10: 277–278, 2013.
Cardozo Gizzi, et al., Mol Cell 74, Issue 1, p1-222, Apr 2019; Nature Protocols 15(3):840-876, 2020.
R. Dubois et al., IEEE conference (ISBI), pp. 1386–1390, 2019.

Pour plus d'information merci de consulter le site : http://nollmannlab.org/

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