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Post-doctorat dans le domaine de l'étude de la photosynthèse et de sa régulation chez les diatomées (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : samedi 15 octobre 2022

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Informations générales

Référence : FR550-MAGTOR-018
Lieu de travail : PARIS 05
Date de publication : mercredi 14 septembre 2022
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 24 mois
Date d'embauche prévue : 1 janvier 2023
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : à partir de 3106 euros brut mensuel selon expérience.
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Les diatomées, un groupe de plus de 100 000 espèces phytoplanctoniques différentes, comptent parmi les microalgues eucaryotes photosynthétiques les plus performantes et colonisent toutes les zones aquatiques (océans, zones intertidales, eaux douces, sols et zones glacées). Elles sont responsables d'environ 20 % de la fixation du carbone et de la production d'oxygène sur terre. Elles sont issues d'une endosymbiose secondaire entre un protiste hétérotrophe et, au moins, un autre eucaryote photosynthétique de la lignée rouge, lui-même issu d'une endosymbiose primaire entre un protiste hétérotrophe et une cyanobactérie. Cependant, malgré leur importance écologique en tant que producteurs primaires et un intérêt croissant pour leur potentiel biotechnologique, notre compréhension actuelle de la régulation de la photosynthèse des diatomées est toujours limitée à ce jour et même les questions les plus fondamentales sur la biogenèse des plastes restent sans réponse. De plus, les approches génétiques pour étudier les fonctions des plastes chez les diatomées sont pour l'instant limitées car les diatomées modèles les plus étudiées sont des phototrophes obligatoires, pour lesquels la photosynthèse est essentielle à la survie.
Pour combler cette importante lacune, notre laboratoire a choisi la diatomée centrique Cyclotella cryptica comme nouveau système modèle pour l'étude de la biologie des plastes des diatomées, car c'est la seule diatomée qui combine la disponibilité de ressources génomiques et génétiques avec la capacité de croître de façon hétérotrophe à l'obscurité, en utilisant le glucose comme source de carbone réduit, ce qui autorise l'isolement de mutants photosynthétiques. La mutagenèse de gènes nucléaires utilisant la stratégie Crispr/cas9, mise en œuvre avec succès chez cette algue a permis d'obtenir les tous premiers mutants de photosynthèse de diatomées, ouvrant la voie à une caractérisation approfondie de la régulation de la photosynthèse et de la biogenèse des plastes. La transformation du génome du plaste a également été réalisée mais doit encore être optimisée. Le post-doctorant recruté utilisera ces outils déjà développés dans le laboratoire pour construire d'autres mutants de photosynthèse, caractériser l'appareil photosynthétique des diatomées et ses régulations en fonction des variations des conditions environnementales, et la biogenèse du plaste.

Références récentes du laboratoire liées au projet:

Lepetit B, Campbell D A, Lavaud J, Büchel C, Goss R & Bailleul B (2022) Photosynthetic Light Reactions in Diatoms. II. The Dynamic Regulation of the Various Light Reactions. pp 423-464, In: Comprehensive overview on diatom molecular biology, 1st Edition 2022, A. Falciatore and T Mock Eds, Springer International Publishing 978-3-030-92499-7 (ISBN)

Jaubert M, Duchêne C, Kroth P G, Rogato A, Bouly J-P & Falciatore A (2022) Sensing and Signalling in Diatom Responses to Abiotic Cues. pp 607-639, In: Comprehensive overview on diatom molecular biology, 1st Edition 2022, A. Falciatore and T Mock Eds, Springer International Publishing 978-3-030-92499-7 (ISBN)

Blommaert L, Chafai L, Bailleul B. The fine-tuning of NPQ in diatoms relies on the regulation of both xanthophyll cycle enzymes - 2021 - Sci Rep. 11(1):12750 - https://doi.org/10.1038/s41598-021-91483-x

Falciatore A, Jaubert M, Bouly J-P, Bailleul B, Mock T. Diatom Molecular Research Comes of Age: Model Species for Studying Phytoplankton Biology and Diversity - 2020 - Plant Cell, 32(3):547-572 - https://doi.org/10.1105/tpc.19.00158

Annunziata R, Ritter A, Fortunato AE, Manzotti A, Cheminant-Navarro S, Agier N, Huysman M, Wing P, Bones A, Bouget F-Y, Cosentino Lagomarsino M, Bouly JP and Falciatore A (2019) bHLH-PAS protein RITMO1 regulates diel biological rhythms in the marine diatom Phaeodactylum tricornutum, PNAS, 116(26): 13137-13142 - doi 10.1073/pnas.1819660116

Choquet Y. and Wollman F.-A. (2022) The Assembly of Photosynthetic Proteins, In: The Chlamydomonas Sourcebook: Introduction to Chlamydomonas and Its Laboratory Use 3rd Edition, Vol. 2: Organellar and metabolic processes, F.-A. Wollman and A R Grossman Eds., Elsevier (Amsterdam), in press.

Activités

- Construire et caractériser des mutants de photosynthèse de la diatomée C. cryptica par mutagénèse de gènes nucléaires choisis et caractérisation biochimique moléculaire et fonctionnelle des mutants otenus.
- Optimisation de la transformation chloroplastique chez C. cryptica et caractérisation biochimique moléculaire et fonctionnelle des mutants obtenus
- Biologie moléculaire (clonage, mutagénèse de plasmides, préparation et analyse d'acides nucléiques, PCR)
- Génétique moléculaire des diatomées (mutagénèse, transformation, étude de l'expression génétique)

Compétences

Les candidats doivent avoir des compétences en biologie moléculaire et en microbiologie et avoir un intérêt marqué pour la biologie des organelles et la régulation de l'expression des gènes. Une expérience préalable avec les diatomées ou l'étude de la photosynthèse serait un atout, mais n'est pas obligatoire. Le candidat doit être innovant, rigoureux, avoir de bonnes capacités de communication et être prêt à travailler en équipe.

Savoirs/Connaissances :
- Bonne connaissance de la biologie et des techniques de microbiologie.
- Connaissance approfondie de la biologie des organites
- Connaissances approfondies en biologie moléculaire
- Maîtrise de la biochimie des protéines
- Maitrise de l'anglais scientifique (lecture et rédaction)
- Connaissance de base en traitement de données numériques

Savoir-faire :
- Concevoir et mettre en œuvre les protocoles expérimentaux
- Capacités d'analyse et de restitution des informations (tenue d'un cahier de laboratoire, préparation de tableaux de synthèse des résultats, préparation de présentations orales).
- Préparer des articles pour publication dans des revues internationales à comité de lecture

Savoir-être
- Innovation, rigueur et fiabilité dans l'exécution du travail.
- Sens de l'organisation, autonomie.
- Aptitude à travailler en équipe

Contexte de travail

Le travail sera mené au sein du laboratoire d'accueil UMR7141 “Biologie du Chloroplaste et Perception de la lumière chez les microalgues”, dirigé par Dr. Angela Falciatore, et par le co-directeur Dr. Yves Choquet, à l'Institut de Biologie-Physico-chimique à Paris (http://www.ibpc.fr/UMR7141/en/home/). Ce laboratoire, situé au cœur du quartier latin regroupe un peu plus de 30 personnes dont 19 membres statutaires. Le projet se fera sous la direction d'Angela Falciatore et Yves Choquet.
Le projet s'inscrit dans le programme COFUND FP-DYNAMO-PARIS, initiative pour la recherche fondamentale, qui offre un environnement interdisciplinaire dans le centre de Paris afin de former les scientifiques de demain dans le domaine de la biologie physico-chimique. Le but de ce programme de recherche est d'intégrer les connaissances sur l'expression génétique, la biologie membranaire et structurale, et la bioénergétique chez les bactéries, les chloroplastes et les mitochondries dans le contexte général d'améliorer notre compréhension de la biogenèse des membranes transductrices d'énergie. Ces études impliquent l'utilisation de technologies de pointes incluant la biologie structurale (NMR, cristallographie aux rayons X et CryoEM), la transcriptomique, la spectrométrie de masse, la biologie synthétique, la microfluidique, la modélisation computationnelle et la visualisation. Les chercheurs post-doctoraux auront l'opportunité de développer leurs projets de recherche dans un environnement scientifique dynamique couvrant trois thèmes de recherche principaux: i) La biologie de l'ARN des bactéries aux chloroplastes, ii) La dynamique des systèmes membranaires et iii) la modélisation computationnelle des assemblages moléculaires.
Les chercheurs post-doctoraux auront l'opportunité de développer leurs projets de recherche dans un environnement scientifique dynamique couvrant trois thèmes de recherche principaux: i) La biologie de l'ARN des bactéries aux chloroplastes, ii) La dynamique des systèmes membranaires et iii) la modélisation computationnelle des assemblages moléculaires. Ils bénéficieront de l'encadrement d'experts reconnus internationalement dans leurs domaines, d'un réseau mondial d'institutions de renom, d'infrastructures de recherche et d'un savoir-faire technique de pointe qui leur permettront de perfectionner leurs compétences scientifiques, de se faire connaître et d'accroître leur compétitivité sur le marché du travail. Une formation spécifique sera proposée aux post-doctorants à travers la participation au cours EMBO sur « Le leadership de laboratoire pour les postdoctorants » lors d'une retraite à Padoue, et par leur participation à des événements de formation complémentaires dédiés aux compétences non techniques.

Contraintes et risques

- Ce projet de recherche peut impliquer l'utilisation de radio-isotopes.

- Vous ne devez pas avoir résidé ou exercé votre activité principale (par exemple travail ou études) en France pendant plus de 12 mois au cours des 3 années précédant la date de recrutement.

Informations complémentaires

Modalités de candidature
Le dossier de candidature est à rédiger en anglais et à déposer sur le site https://emploi.cnrs.fr/. Il doit comporter un CV détaillé, un minimum de deux lettres de référence, une lettre de motivation décrivant vos objectifs de carrière à court et long terme, ainsi qu'une déclaration signée spécifiant que vous êtes en conformité avec la règle de mobilité qui stipule que vous n'avez pas résidé ou exercé votre activité principale (travail ou études) en France pendant plus de 12 mois au cours des trois années précédant la date du recrutement. Le dossier complet doit aussi être envoyé à Bruno MIROUX & Magdalena TORTYNA, respectivement directeur et manager du projet à l'adresse mail DYNAMOcofund@ibpc.fr. Voir détails sur le site http://labexdynamo.ibpc.fr/fp-dynamo-paris/

Evaluation
Le poste est conçu comme une première étape dans une carrière de chercheur, et l'évaluation des candidats sera principalement basée sur leurs qualifications en recherche et leurs compétences pouvant compléter et renforcer la recherche en cours au sein des institutions partenaires.
Étape 1. Les candidatures de chaque candidat éligible seront évaluées par des experts internationaux indépendants au sein du thème de recherche concerné. Les candidats éligibles seront évalués en fonction de leur mérite, de leur motivation pour le programme, de leur excellence académique et de leurs qualifications personnelles telles que leur aptitude à collaborer et communiquer.
Étape 2. Un maximum de trois candidats sera retenu pour un entretien vidéo avec les experts indépendants pour chaque poste ouvert (novembre 2021). Après l'entretien, les candidats de la liste restreinte seront invités à une conférence à distance avec le directeur de projet et un membre du conseil d'administration de DYNAMO pour définir le périmètre général du projet, de la formation et de l'environnement de recherche. Les candidats devront rédiger une proposition de projet de 3 pages, apportant leurs propres idées originales, et disposeront de 2 semaines pour la soumettre.
Étape 3. Chaque proposition de projet sera évaluée par l'un des experts indépendants et le membre du conseil d'administration de DYNAMO qui aura évalué le candidat lors des étapes précédentes. La sélection finale sera faite sur la base des notes obtenues aux étapes 1, 2 et 3. La note minimale doit être supérieure à 20/40. Le meilleur candidat se verra offrir le poste de postdoctorant avec une date de début allant du 1er janvier au 30 avril 2023.

Le CNRS (Centre National de la Recherche Scientifique) est un employeur souscrivant au principe de l'égalité d'accès à l'emploi. Par ailleurs, FP-DYNAMO-PARIS s'engage à promouvoir le rôle des femmes dans la science et ainsi encourage explicitement celles-ci à se porter candidates.

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