Missions

La mission principale de l'ingénieur·e sera de mettre en œuvre et d'adapter des méthodes analytiques diverses en génomique dans le cadre des projets scientifiques du laboratoire. Il.elle sera impliqué dans le traitement des données génétiques et génomiques, voire dans l’analyse statistique des données. Par ailleurs, il·elle supervisera la gestion des consommables et les instruments. Enfin, il·elle sera responsable de la rédaction et de l'actualisation des fiches de préparations et des protocoles techniques et, si besoin, de la formation des utilisateurs du laboratoire de biologie moléculaire.

Activités

Activités principales :
- Mise en œuvre de différentes techniques et adaptation à l'étude d'échantillons marins : extractions d’ADN et d’ARN adaptées aux différents types d’échantillons biologiques et environnementaux, avec contrôle qualité; amplification de fragments spécifiques par PCR; détection et quantification ciblées de gènes taxinomiques ou fonctionnels d’intérêts (par PCR quantitative et PCR digitale); mise en œuvre de la construction de banques en vue du séquençage de deuxième et troisième génération (métabarcoding, métagénomique, métatranscriptomique);
- Gestion des envois pour sous-traitance du séquençage NGS ou autre
- Utilisation de logiciels spécialisés associés aux machines, mise en forme et prétraitement des données acquises.
- Développement et mise en œuvre des pipelines d’analyses de données.
- Gestion des consommables et suivi des instruments (calibrage, préparation des solutions stock, nettoyage), pour une partie du matériel utilisé.
- Initier les utilisateurs aux techniques du domaine et aux équipements du laboratoire

Autres activités :
- Superviser l'élimination des déchets selon les règles d'hygiène et de sécurité
- Gérer des bases de données ou des banques d'échantillons

Compétences

Connaissances transversales requises :
- Connaissances générales en biologie (une connaissance de l'écologie marine serait un plus)
- Connaissances approfondies en biologie moléculaire, notamment pour la construction de banques et le séquençage haut-débit
- Connaissances des principes de la génomique environnementale (métagénomique, metabarcoding, métatranscriptomique…)
- Connaissances des outils de bioinformatique adaptés au traitement des données de génomique (notamment de metabarcoding)
- Connaissances sur la réglementation en matière d’hygiène et sécurité, notamment pour l’utilisation des produits chimiques toxiques
- Connaissances sur la législation autour des ressources génétiques

Savoir-faire :
- Maîtrise de la mise en œuvre d'une ou plusieurs des techniques suivantes : extraction d’ADN, ARN, PCR, qPCR, électrophorèses, quantification d’ADN et d’ARN.
- Bonne pratique des outils informatiques pour le pilotage des expériences, la saisie et la mise en forme des données.
- Maîtrise de l'anglais scientifique et technique dans le domaine des méthodes à utiliser (niveau B1 à B2 écrit et oral).
- La gestion de banques d’échantillons et des bases de données associées serait un plus

Savoir-être :
- Qualités relationnelles de travail avec de multiples interlocuteurs
- Sens de l’organisation

Contexte de travail

Localisation (Direction/service) :
Le Laboratoire d'Océanographie de Villefranche (LOV), UMR 7093, situé à Villefranche-sur-Mer (Alpes-Maritimes) et fondé en 2001, opère sous la double tutelle de Sorbonne Université (SU) et du Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) dans le cadre de l'Institut National des Sciences de l'Univers (INSU) et de l'Institut Écologie Environnement (INEE).
Les personnels du LOV se consacrent à la production de connaissances par la recherche fondamentale, à la dissémination de ces connaissances vers le grand public, à la formation académique, ainsi qu'au suivi des changements du milieu par des actions d'observation. Leurs champs d'étude vont de la biogéochimie des océans à l'écologie des organismes marins.
L'agent sera affecté à l'équipe COMPutational PLankton Ecology (COMPLEx ; https://lov.imev-mer.fr/web/team-complex/) et placé sous la responsabilité d'un chercheur CNRS de l’équipe. Elle/il travaillera en collaboration avec les membres de l’équipe CHimie, Ocean, Climat ; https://lov.imev-mer.fr/web/team-choc/).

L'ingénieur(e) d’étude recruté(e) sera au centre des activités impliquant l’utilisation d’outils moléculaires dans les domaines de recherche suivants : (1) identifications spécifiques, (2) description de la diversité taxinomique et/ou fonctionnelles, (3) étude des patrons de structuration des populations et estimation de connectivité génétique, (4) effets de forçages externes sur les organismes et processus physiologiques, (5) analyse de la diversité marine avec des outils de génomique environnementale (ADNe). Ces activités de recherche sont financées par de nombreux projets nationaux et internationaux (ANR, Horizon Europe, PIA). Ils portent sur une large gamme d'organismes et d’écosystèmes (plancton, récifs coralliens, microbes, mollusques commerciaux, algues brunes, plantes marines, coralligène,…).

Contraintes et risques

Sans objet

Informations complémentaires

EMPLOYEUR : SORBONNE UNIVERSITE (SU)
La grille de rémunération appliquée sera celle de l'employeur SU
Contact : Lionel Guidi lionel.guidi@imev-mer.fr