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Portail > Offres > Offre FR2424-BARRAF-016 - Ingénieur Bioinformaticien - assemblage de génomes (H/F)

Ingénieur Bioinformaticien - assemblage de génomes (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : mardi 6 décembre 2022

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Informations générales

Référence : FR2424-BARRAF-016
Lieu de travail : ROSCOFF
Date de publication : mardi 15 novembre 2022
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 18 mois
Date d'embauche prévue : 2 janvier 2023
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : de 2768.35 € à 3270.24 € semon expérience
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

La principale responsabilité de l'ingénieur.e sera de travailler sur des projets d'assemblage de génomes de champignons et de bactéries associés à l'algue A. nodosum (dont l'assemblage du génome est déjà disponible).

Activités

Le travail comprendra l'assemblage de génomes en utilisant des lectures longues et courtes (principalement PacBio HiFi), mais aussi l'annotation structurelle et fonctionnelle des génomes, le développement de pipelines.
L'ingénieur.e pourra être impliqué.e dans des projets de génomique comparative et/ou de population.
Les responsabilités incluent la réalisation d'analyses, la communication avec les partenaires, le suivi des développements actuels dans le domaine, la rédaction de rapports et potentiellement de l'enseignement.

Compétences

Un doctorat ou au moins trois ans d'expérience en ingénierie, à la fois en bioinformatique, en biologie moléculaire, en informatique ou dans des domaines connexes considérés comme pertinents pour le poste du projet.
Au moins trois ans d'expérience dans l'assemblage de génomes eucaryotes et procaryotes (idéalement avec des données de séquençage longues).
Une expertise dans l'utilisation des assembleurs de génomes et des outils de contrôle de l'assemblage actuellement utilisés, y compris une compréhension approfondie de la façon d'interpréter les résultats.
Une expérience de curation des assemblages est également requise.
Capacité à travailler efficacement dans un environnement de ligne de commande Linux.
De bonnes aptitudes à la communication, tant à l'oral qu'à l'écrit, sont requises, ainsi que la capacité à collaborer avec des scientifiques d'horizons très divers.
L'accent sera mis sur les qualités personnelles, telles que la capacité à diriger des projets et à travailler dans un environnement collaboratif.
Une volonté d'apprendre de nouvelles méthodes et la capacité d'acquérir de nouvelles compétences sont essentielles pour ce poste.
Connaissance de l'annotation du génome d'organismes non-modèles et compétence en génomique comparative et des populations.
De solides compétences en R ou en langages de script tels que Python seront appréciées.
Expérience des outils utilisés pour assurer la reproductibilité, tels que Git, les conteneurs et les gestionnaires de flux de travail.
Les candidatures doivent comprendre un CV détaillé, au moins deux références (personnes que nous pouvons contacter), une lettre de motivation d'une page.

Contexte de travail

Ce travail sera réalisé dans le cadre du projet ANR SEABIOZ avec des partenaires académiques (Station Biologique de Roscoff, IRISA Rennes, Muséum d'Histoire Naturelle Paris) et un partenaire industriel (Roullier, St. Malo). Ce contrat s'inscrit dans une démarche pluridisciplinaire à la croisée de l'exploration de données massives de séquençage, de métabolomique et de biologie des systèmes.
Ascophyllum nodosum est une algue brune commune que l'on trouve le long des côtes de l'océan Atlantique Nord. Une caractéristique unique de cette algue est son association mutualiste avec l'endophyte fongique "Mycophycias ascophylli" et d'autres champignons et bactéries. On sait très peu de choses jusqu'à présent sur l'importance de ces symbiotes pour l'algue, si ce n'est qu'on pense qu'ils protègent A. nodosum de la dessiccation et qu'ils sont bénéfiques à leur fonctionnement.

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