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Portail > Offres > Offre FR2424-BARRAF-009 - Bioanalyste en charge de la construction de base de données de référence transcriptomiques marines (H/F)

Bioanalyste en charge de la construction de base de données de référence transcriptomiques marines (H/F)


Date Limite Candidature : lundi 2 août 2021

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Informations générales

Référence : FR2424-BARRAF-009
Lieu de travail : ROSCOFF
Date de publication : lundi 12 juillet 2021
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 octobre 2021
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2088 euros brut et 2668 euros brut selon expérience
Niveau d'études souhaité : Bac+4
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Le-la bioanalyste travaillera à l'établissement des bases de données de référence sur plusieurs phylum marins (dans un premier temps micro-eucaryotes et arthropodes).
Le/la candidat(e) contribuera à l'alimentation des bases de données en utilisant une procédure standardisée de nettoyage, d'assemblage et d'annotation. Il-elle adaptera les modèles de données et la structure de la base déjà existante avant d'alimenter cette base.
Enfin le/la candidat(e) contribuera à la construction du pipeline dédié à la récupération, au nettoyage, à l'assemblage, à l'évaluation et à l'annotation automatisés des jeux de données publics pouvant alimenter ces bases de référence

Activités

Il/elle sera en charge de la mise au point et de la curation de bases de données de référence transcriptomiques marines.

Compétences

- Maîtrise de l'analyse transcriptomique.
- Connaissance de l'analyse des métagénomes/métatranscriptomes.
- Une expérience dans le domaine de l'écologie marine est un plus.
- Familiarité avec les logiciels biologiques et statistiques pour l'analyse de données à haut débit (par exemple, programmes d'annotation de gènes, logiciels d'analyse de séquençage en écologie microbienne, R).
- Expertise dans la construction de pipelines bioinformatiques et l'analyse de données NGS.
- Bonnes compétences en script/programmation (Python, bash), maîtrise d'Unix/Linux et expérience des clusters.
- Bases de données (PostGreSQL/MySQL)
- un minimum d'expérience avec le développement d'applications Web serait appréciable (connaissance de HTML, CSS, JavaScript, utilisation d'au moins un framework pour le développement Web, avec une préférence pour Python/Django).
- Capacité à travailler en équipe et intérêt pour les approches multidisciplinaires.
- Capacité à communiquer efficacement des informations techniques, tant oralement que par écrit.

Contexte de travail

Vous travaillerez sur la plateforme bioinformatique ABiMS-IFB (Institut Francais de Bioinformatique) de la Station Marine de Roscoff sur un poste de bioanalyste junior de 12 mois (renouvelables) et serez en charge de la mise au point et de la curation de bases de données de référence transcriptomiques marines.

Contraintes et risques

RAS

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