Missions

Au sein du Laboratoire d'Ecologie Alpine (LECA), l'ingénieur-e participera aux activités de développement logiciel pour l'analyse de données génétiques produites au laboratoire depuis le recueil des besoins, la spécification, l'implémentation et les tests associés. Ces développements logiciels concerneront plus particulièrement les thématiques suivantes : établissement d'inventaires de biodiversité par ADN environnemental, annotation de métagénomes environnementaux, analyse de données de polymorphisme génétique intra ou interspécifique obtenus par RadSeq et reséquençage de génomes complets, établissement de bases de références génétiques obtenues par séquençage de génomes à faible couverture (genome skimming).
L'agent fournira également aux équipes de recherche un support en annotation de métagénomes, en phylogénie et phylogénomique et aux analyses de données associées.

Activités

- Concevoir des nouveaux logiciels et workflows pour rendre plus accessible les analyses de données génétiques, de metabarcoding et de métagénomique en y intégrant les outils logiciels issus de l'état de l'art
- Assurer une veille scientifique sur les nouvelles méthodes d'analyses de données appliquées aux données produites au laboratoire
- Concevoir de nouveaux outils d'analyses appliqués aux données produites au laboratoire et les implémenter
- Assurer la maintenance et l'évolution de logiciels et bases de données développées au laboratoire
- Encadrer des stagiaires et des ingénieur-es bioinformaticiens en CDD
- Activité transverse : animer le réseau métier CNRS en bioinformatique MERIT (Réseau MetiER en bIoinformaTique : réseau national des ingénieurs en bioinformatique des établissements d'Enseignement Supérieur et de la Recherche)

Compétences

Savoirs

- Compétences fortes en bioinformatique et en génomique
- Connaissance approfondie en génie logiciel
- Concepts et architectures du système d'information et de communication
- Anglais : communication orale et écrite (niveau B2 du cadre européen commun de référence pour les langues)

Savoir-faire

- Développement informatique pour la bioinformatique (C/C++, python, R) et le web (frameworks web, javascript, CSS, html) en équipe (git, gitlab)
- Maîtrise de l'utilisation des environnements Unix/Linux (Langages de script Shell) et des clusters de calculs
- Systèmes de workflows : SnakeMake, NextFlow
- Assurer une veille technologique
- Communication : rédaction de documentations et présentations orales à destination d'un public non-informaticien
- Animation de réunions

Savoir-être

- Aptitude au travail en équipe
- Capacité d'adaptation
- Rigueur

Contexte de travail

Le Laboratoire d'Ecologie Alpine est une unité mixte de recherche multi-tutelles (CNRS, Université Grenoble Alpes, Université Savoie Mont-Blanc) situé à Saint-Martin d'Hères et au Bourget du Lac. Il compte environ 150 personnes, organisées autour d¿équipes de recherche qui travaillent sur l'observation, l'expérimentation et la modélisation afin de prédire la réponse de la biodiversité aux changements. Ce poste sera basé sur le site de Saint Martin-d'Hères.
De nombreux projets de recherche menés par les chercheurs et enseignants-chercheurs du LECA produisent et utilisent des données génétiques et génomiques. Par ailleurs, le LECA dispose du plateau technique AEEM (Analyses Environnementales et Ecologie Moléculaire) qui produit ce type de données, que ce soit dans le cadre de projets développés par des membres de l'unité, ou par l'intermédiaire de son activité eDNA au sein de la plateforme nationale AnaEE (Analyses et Expérimentations sur les Ecosystèmes continentaux).
L'exploitation de ces données nécessite la mise au point de stratégies de traitements originales, l'utilisation d'outils spécifiques et le développement de nouvelles méthodes d'analyses. Par ailleurs, la mise à disposition de ces données demande le développement d'interfaces de consultation adossées à une modélisation et un archivage des données adaptées.
L'ingénieur-e recruté travaillera en priorité au renforcement de ces besoins en étroite collaboration avec les personnels techniques qui s'y impliquent déjà. Elle/Il intégrera la plateforme PASTIS (Plateforme d'Analyse et de Soutien Technique à l'Informatique Scientifique) comptant 4 membres (2 IR, 2 IE). La personne recrutée travaillera sous la responsabilité du directeur adjoint de l'unité.
Après une période d'adaptation, une partie des activités pourront être réalisées en télétravail, selon les besoins et nécessités de service. Ces activités seront à définir avec la direction, sous réserve de respecter la réglementation en vigueur au CNRS.