Missions

L’ingénieur en bioinformatique aura pour mission de mener un projet d’analyse de données génomiques (ADN et ARN) dans le cadre d’un projet sur la régulation de la formation des crossovers méiotiques chez le champignon filamenteux Sordaria macrospora.

Activités

Concevoir et réaliser des développements bioinformatiques et de biostatistiques :
- Assemblage de novo d'un génome de champignon (35Mb) à partir de données Illumina et PacBio/Nanopore
- Annotation du génome grâce à des données de RNA-seq chez le sauvage
- Analyse de données RNA-seq chez des mutants
- Définir, mettre en œuvre et mettre à jour un Plan de Gestion de Données (PGD)
- Diffuser et valoriser les résultats et réalisations technologiques sous forme de rapports, présentations orales
- Assurer et organiser la veille scientifique et technologique

Compétences

- Formation en bioinformatique
- Expérience de programmation pour l’analyse de données de séquençage ADN
- Expérience de programmation pour l’analyse de données de séquençage ARN
- Expérience en biostatistiques
- Gestion de workflow
- Rigueur et autonomie
- Connaissances des règles FAIR de reproductibilité
- Connaissances en génomiques et génétiques (transcription, recombinaison)
- Langue anglaise : Niveau A1
- Sens des responsabilités
- Bonne capacité de communication, notamment avec des non bioinformaticiens
- Excellentes qualités relationnelles.

Contexte de travail

L'Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC) est une très grande unité mixte de recherche CNRS, CEA et Université Paris Saclay, situé sur le campus de recherche de Gif-sur-Yvette. Avec un effectif moyen de près de 650 personnes réparties entre 5 départements scientifiques, l'I2BC rassemble 60 équipes de recherche travaillant sur tous les aspects de la cellule, des constituants cellulaires jusqu'à l'interaction des cellules entre elles.
Le département Biologie des Génomes se focalise sur l'étude du matériel génétique. L’Équipe Appariement et Recombinaison Méiotique s'intéresse aux mécanismes moléculaires de la méiose, une étape clé de la reproduction sexuée. L’équipe est composée de 3 chercheurs et d’une ingénieure de recherche permanents, 2 étudiants en thèse, une post-doctorante et 2 ingénieurs en CDD.

Le projet, coordonné par deux chercheurs permanents, porte sur la caractérisation de différents acteurs régulant la formation des crossovers méiotiques, échanges réciproques d’ADN entre chromosomes homo- logues qui ont lieu pendant la méiose.

Nous utilisons pour ce faire deux organismes modèles : la plante Arabidopsis thaliana et le champignon filamenteux Sordaria macrospora.

Possibilité de restauration CNRS + remboursement partiel des frais de transport en commun.

Contraintes et risques

Pas d’astreinte d’horaires.