Missions

Les communautés microbiennes qui peuplent nos océans sont essentielles à la santé de l'environnement et de la société. Elles jouent un rôle clé dans le maintien de la vie sur Terre, qu'il s'agisse d'alimenter les cycles nutritifs essentiels, de capter de grandes quantités de dioxyde de carbone de l'air, de soutenir les réseaux alimentaires des océans ou de garantir la durabilité des ressources de notre planète. De plus, elles représentent un trésor de bioressources qui peuvent être exploitées pour répondre aux besoins de la société, par exemple en matière de nouveaux médicaments et d'enzymes. Au cours des deux dernières décennies, des progrès considérables ont été réalisés dans la compréhension de la diversité taxonomique et fonctionnelle des océans qui sous-tend le microbiome océanique en tirant parti des avancées technologiques - technologies 'omiques multiples, échantillonnage et informatique - combinées à des efforts concertés pour observer les microbes dans l'ensemble de l'océan mondial. Cependant, une exploration plus poussée du microbiome marin est nécessaire pour répondre à une série de problèmes environnementaux et sociétaux urgents. Dans ce contexte, le projet européen BlueRemediomics vise à : (1) élucider le contenu, le répertoire fonctionnel, la distribution et les interactions entre les différents composants du microbiome marin ; (2) développer les cadres législatifs et de surveillance nécessaires pour contrôler, comprendre et protéger le microbiome marin, ainsi qu'encourager son exploitation durable et équitable en tant que bioressource pour de nouvelles molécules, de nouveaux gènes et de nouveaux organismes ; et (3) favoriser la connaissance des océans en améliorant l'appréciation des microbes océaniques sur la planète que nous partageons.

Activités

Les principales tâches du projet consisteront à développer des méthodes et procédures informatiques pour modéliser les communautés du microbiome marin et faciliter la culture in vitro de microbes ayant des fonctions métaboliques spécifiques. Les modèles résultants seront ensuite utilisés pour évaluer et produire des bioindicateurs des gènes aux communautés du microbiome marin afin d'estimer et de surveiller la santé des écosystèmes océaniques.
- Modéliser les communautés de microorganismes marins à l'échelle du génome par des approches d'inférence de graphes de co-occurrence via des données métagénomiques provenant de campagnes océanographiques récentes (Tara Oceans, Tara Europa, Bio-GO-SHIP et AtlantECO).
- Exploiter les métadonnées environnementales associées aux catalogues marins et mettre en œuvre la modélisation des niches écologiques pour identifier les facteurs biotiques et abiotiques qui déterminent la structure et la fonction des communautés.
- Identifier les communautés, les microbes et les modules génétiques qui co-varient avec des facteurs environementaux/polluants spécifiques dans l'espace et dans le temps, afin de dériver des biomarqueurs et de nouvelles mesures pour évaluer la santé des écosystèmes océaniques.
- Valider ces biomarqueurs et ces nouvelles mesures en utilisant les nouvelles données provenant des projets Tara Pacific et TREC/Tara Europa.

Compétences

Le candidat doit être titulaire d'un doctorat en (bio)informatique, en biologie informatique, en biostatistique ou dans un domaine connexe, avec des compétences en matière de modélisation des systèmes biologiques.
- Expérience du séquençage à haut débit, de la métagénomique ou des analyses métatranscriptomiques d'ensembles de données à grande échelle.
- Expérience de l'analyse des données, des statistiques et de la visualisation, par exemple en Python ou en R.
- Expérience en apprentissage statistique et en apprentissage automatique (profond).
- Une capacité à travailler de manière indépendante et en équipe, et à l'interface entre les sciences de la vie et l'informatique.
- Bonnes aptitudes à la rédaction et à la communication en anglais sont attendues ainsi qu'une aptitude au travail en équipe.

Contexte de travail

La candidate ou le candidat travaillera au sein de l'équipe ComBi du LS2N à Nantes, sur le site de l'UFR Sciences et Techniques.
Recrutement dans le cadre du projet européen (Horizon Europe) BlueRemediomics (https://blueremediomics.eu/).