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Doctorant Réseau Européen de formation collaboratif (H/F)


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Informations générales

Référence : USR3505-CAMLIB-009
Lieu de travail : TOULOUSE
Date de publication : vendredi 9 février 2018
Nom du responsable scientifique : RODRIGUEZ Manuel
Type de contrat : CDD Doctorant/Offre de thèse
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 septembre 2018
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 1 768,55 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

Titre du projet : Le rôle de l'ubiquitylation protéique dans la diaphonie Protéasome-Autophagie

Présentation du projet :

Les modifications post-traductionnelles opérées par les éléments de la famille de l'ubiquitine (Ub) constituent un moyen efficace de réguler la fonction protéique à plusieurs niveaux : changer leur localisation, activité, leur interaction avec des protéines partenaires ou leur stabilité en temps utile et le compartiment cellulaire, en fonction des besoins de la cellule. Les anomalies dans cet équilibre homéostatique donnent lieu à des pathologies telles que le cancer, la neuro-dégénérescence, l'inflammation et de multiples infections. Ce champ de recherche est à ce titre devenu très attrayant non seulement pour les chercheurs en science fondamentale mais également pour l'industrie pharmaceutique, laquelle a pour but d'identifier les cibles potentielles d'une intervention thérapeutique.
Les protéines d'ubiquitine et assimilées peuvent étonnamment s'auto-modifier, formant des chaînes intriquées et complexes. Ce panorama s'est récemment élargi avec la découverte de la formation de chaînes hétérologues parmi les molécules UbL, dont SUMO ou NEDD8, mais aussi d'autres modifications post-traductionnelles telles que la phosphorylation ou l'acétylation. Le «Code ubiquitine», un langage universel inexploré et d'une complexité insoupçonnée, doit maintenant être décrypté pour comprendre l'homéostasie protéique and les pathologies qui lui sont associées. Le déchiffrage de code complexe nécessite une collaboration multidisciplinaire poussée à tous les niveaux, y compris dans l'utilisation de systèmes moléculaires distincts, la mise au point d'organismes modèles and le développement de technologies de pointe pour explorer les aspects chimique, biochimique, moléculaire, pharmaceutique et clinique de la modification protéique par la famille de l'ubiquitine. Le projet UbiCode constitue un effort sans précédent pour comprendre le « Code ubiquitine » de façon intégrée.

Lien vers le site UbiCode: http://www.ubicode.eu

Défi scientifique :

Notre défi scientifique principal est d'analyser la création de la diversité de la chaîne (écriture), sa régulation (édition), sa reconnaissance (lecture) and sa connexion avec les fonctions effectrices (interprétation) pour réguler la plasticité cellulaire. Notre hypothèse principale est qu'une meilleure connaissance des « auteurs », « éditeurs », « lecteurs » et « interprètes » de ce nouveau langage universel nous permettra de comprendre le message encodé, ce qui sera crucial pour prédire les processus physiologiques et pathologiques.

Résumé du projet:
De multiples aspects de la pertinence biologique de chaînes Ub distinctes et leur rôle dans la connexion entre protéasome et autophagie restent inexplorés. Pour répondre à ces questions, notre équipe a développé des trappes moléculaires (Tandem Ub Binding Entities ou TUBEs) pour saisir et identifier les protéines modifiées par les membres de la famille Ub. Nous proposons ici d'utiliser ces nouvelles trappes moléculaires basées dans le domaine de fixation de l'ubiquitine depuis les protéines impliquées dans l'autophagie : i) les protéines ubiquitylées seront identifiées grâce à l'approche TUBEs-MS ; ii) pour étudier leur spécificité, les protéines capturées seront comparées grâce à des trappes Ub distinctes ; iii) les protéines seront aussi étudiées grâce à de petites molécules inhibitrices ; iv) le rôle des facteurs identifiés dans la diaphonie de l'autophagie UPS en condition de stress protéo-toxique sera analysé.

Contexte de travail

L'étudiant(e) sera accueilli(e) à l'ITAV et bénéficiera de conditions de travail optimales (bureau, ordinateurs, accès aux expériences etc.). Il/elle sera encadrée par un responsable principal, un co-responsable et un mentor du secteur privé. Cette équipe le/la conseillera en matière de développement professionnel.

Informations complémentaires

Conditions d'éligibilité des candidat(e)s :

Chercheur(se) en début de carrière : l'étudiant(e) recruté(e) doit correspondre à la catégorie des Early Stage Researchers (ESRs) définie par la Commission européenne, à savoir être dans les quatre premières années de sa carrière et ne pas avoir obtenu un doctorat.
Mobilité : l'étudiant(e) ne doit pas avoir passé plus de 12 mois dans son pays d'accueil durant les trois années précédant le recrutement, sans condition de nationalité.
Exigences académiques: l'étudiant(e) doit être en possession des diplômes donnant accès à un programme doctoral (à savoir un diplôme de master reconnu par le pays d'accueil, correspondant à 120 crédits ECTS). Il/elle visera l'obtention de son doctorat dans le cadre du projet UbiCODE, et ne doit PAS avoir obtenu un doctorat auparavant. Tous les étudiants doivent être en capacité de communiquer, lire et écrire en anglais. Un niveau basique en français sera apprécié.

Prestations offertes aux candidat(e)s :

Formation : l'étudiant(e) aura accès à une formation aux techniques expérimentales des sciences biomédicales en matière d'ubiquitine au sein de laboratoires experts et dans un environnement stimulant et collaboratif. Tous les étudiants suivront des enseignements spécialisés (cliquer ici pour voir le programme des enseignements) et acquerront des compétences transférables (rédaction de CV et de demandes de subventions, présentation orale etc.). Les étudiants recrutés bénéficieront en outre de détachements courts au sein des laboratoires partenaires du réseau.
Doctorat: l'étudiant(e) suivra un programme doctoral au sein d'une institution partenaire et présentera son doctorat à la fin du projet.

Salaire: l'étudiant(e) bénéficiera d'un salaire très compétitif correspondant aux exigences des actions Marie Skłodowska-Curie. Le salaire exact sera calculé à partir d'un indice géographique, et d'éventuelles primes (mobilité, situation familiale).

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