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Doctorant(e) (H/F) en virologie moléculaire et structurale

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : vendredi 6 novembre 2020

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Informations générales

Référence : UPR9002-ROLMAR-002
Lieu de travail : STRASBOURG,STRASBOURG
Date de publication : vendredi 25 septembre 2020
Nom du responsable scientifique : Roland Marquet et Laurence Despons
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 février 2021
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

Les virus influenza A sont responsables des épidémies de grippe saisonnières et occasionnellement de graves pandémies. Leur génome divisé en huit segments d'ARN génomiques de polarité négative (vARN) permet leur évolution rapide, appelée cassure antigénique, par réassortiment génétique entre les vARN de deux virus influenza A infectant une même cellule. Ce processus est notamment à l'origine de virus influenza A à fort potentiel pandémique. Cet avantage évolutif complique cependant l'encapsidation du génome viral, puisque les particules virales doivent contenir une copie de chaque ARNv pour être infectieux. Le modèle généralement admis est que chaque ARNv est encapsidé de manière sélective sous forme de ribonucléoparticule virale (au sein de laquelle l'ARNv s'associe à un complexe polymérase trimérique et de multiples copies de nucléoprotéine (NP)). Chaque ARNv possède en effet des signaux d'encapsidation spécifiques et un nombre croissant de travaux montrent l'existence d'interactions directes, par appariement de bases, entre les ARNv.

Le réassortiment génétique entre des virus influenza A divergent est un processus fortement biaisé au cours duquel seul un petit nombre de tous les génotypes théoriquement possibles sont produits efficacement. Cette restriction est due à la compatibilité limitée entre les signaux d'encapsidation de virus influenza A divergents et à la conservation limitée des interactions entre ARNv requises pour l'encapsidation. L'analyse du réassortiment génétique apporte dès lors des informations non seulement sur les mécanismes par lesquels les virus réassortis sont produits, mais aussi sur les mécanismes permettant l'incorporation coordonnée du génome segmenté des virus influenza A.

Dès lors, dans le cadre du projet de thèse, nous générerons de manière systématique des virus réassortants entre deux virus influenza A humains qui contiendront sept segments d'un virus parental H1N1 et un segment d'un virus parental H3N2. Ensuite, la structure secondaire des segments d'ARN génomiques dans les deux virus parentaux et jusqu'à huit virus réassortants produits en cellules humaines sera comparée en utilisant la cartographie en solution, notamment le SHAPE-MaP. Cette analyse devrait permettre de mettre en évidence des différences dans les interactions entre ARNv dans les virus parentaux et réassortis. Ces données expérimentales seront utilisées pour identifier les signaux d'encapsidation par bioinformatique et ces prédictions seront vérifiées expérimentalement. Enfin, des composés destinés à interférer de manière sélective avec les interactions entre ARNv seront générés.

Contexte de travail

Cette thèse s'inscrit dans le cadre du réseau européen VIROINF "Understanding (harmful) virus-host interactions by linking virology and bioinformatics" qui ouvre au recrutement un total de 15 financements doctoraux (la liste complète est consultable ici : https://viroinf.eu/apply/). VIROINF est un 'European Training Network (ETN) financé par la Commission Européenne dans le cadre du programme Horizon 2020 Marie Sklodowska-Curie Action.

Le travail de thèse sera principalement réalisé au sein de l'équipe 'Ribonucléoprotéines virales, incorporation du génome et assemblage viral' dirigée par Roland Marquet et Jean-Christophe Paillart, qui comprend une douzaine de personnes, sous la direction de Roland Marquet et en collaboration avec Laurence Despons pour la partie bioinformatique. Cette équipe fait partie de l'UPR 9002 du CNRS ARN dirigée par Pascale Romby qui s'intéresse aux fonctions des ARN dans des conditions normales et pathologiques, comme les infections par des virus, bactéries ou parasites. L'UPR 9002 du CNRS ARN fait partie de l'Institut de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IBMC) à Strasbourg.

Le travail nécessitera en plus des séjours prolongés (environ 10 mois au total) en Allemagne, (Freiburg, Jena) et en Autriche (Vienne).

Contraintes et risques

Voir ci-dessous (informations complémentaires) les conditions d'éligibilité et les modalité de candidature à cette offre

Informations complémentaires

Conditions d'éligibilité :
-les candidat(e)s (H/F) européenne)s et non européen(ne)s sont éligibles
Pour être éligibles, les candidat(e)s (H/F)
- doivent être dans les quatre premières années de leur carrière dans la recherche.
-doivent être porteurs d'un diplôme de Master dans un domaine relevant du projet de thèse ou d'un autre diplôme leur permettant de s'inscrire en thèse à l'Université de Strasbourg ; les candidat(e)s (H/F) déjà porteurs/porteuses d'un doctorat ne sont pas éligibles
-ne doivent PAS avoir résidé ou effectué leur activité principale (études, travail, etc) en France pendant plus de douze mois dans les trois dernières années avant la date de recrutement. (De courts séjours pour des vacances ne sont pas pris en compte.
-doivent être prêts à passer des séjours prolongés dans d'autres instituts/pays durant leur travail de thèse.
-doivent être très motivés et désireux de travailler à l'interface de la virologie et de la bio informatique.

Modalité de candidature :
Afin de respecter à la fois les impératifs du CNRS et du réseau VIROINF, les candidatures devront être déposés en parallèle :
-sur le portail emploi du CNRS
-auprès du Manager du réseau VIROINF par e-mail à winfried.goettsch@uni-jena.de jusqu'au 30 Octobre 2020 ; l'email doit avoir pour objet VIROINF ESR 2 et inclure une lettre de motivation, un CV et au moins une lettre de recommandation, le tout combiné en un seul document pdf ne dépassant pas 5MB).

Calendrier :
Octobre 2020 : candidatures en ligne
Novembre 2020 : Interview des candidats sélectionnés (probablement par videoconférence)
1er décembre 2020 : annonce des résultats
Entre le 1er février et le 1er avril 2021 : recrutement

Rémunération :
Le/la candidat(e) recruté(e) percevra un salaire, ainsi qu'une indemnité de mobilité et éventuellement, si le/la candidat(e) est éligible, une indemnité familiale.
Le salaire mensuel brut plus l'indemnité de mobilité s'élèvent à environ 2840 € brut/ mois, sans indemnité familiale ; si le/la candidat(e) est éligible, le salaire mensuel brut plus l'indemnité de mobilité et l'indemnité familiale s'élèvent à environ 3150 € brut/ mois.

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