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AutoBioTip : Automatisation des mesures mécanobiologiques par AFM (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : jeudi 1 juillet 2021

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Informations générales

Référence : UPR8001-ETIDAG-003
Lieu de travail : TOULOUSE
Date de publication : jeudi 10 juin 2021
Nom du responsable scientifique : Etienne Dague
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 octobre 2021
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

Autobiotip a pour objectif d'éveiller l'AFM-Bio aux grands échantillons. Le but de cette thèse interdisciplinaire est de développer une méthode d'automatisation des mesures de force qui permettra de générer des données sur au moins 1000 cellules. Les analyses classiques de biophysique et les méthodes issues de l'apprentissage automatique seront ensuite adaptées pour extraire les informations mécanobiologiques issues du grand nombre de données générées dans le but d'accéder à l'hétérogénéité des populations cellulaires.

Contexte de travail

- Le Co-directeur de la thèse, Etienne Dague, développe des thématiques de biophysique utilisant l'AFM pour l'étude du vivant. Membre de l'équipe ELIA du LAAS-CNRS il est l'auteur de 80 publications (H index 33, >2875 citations). Il a été coordinateur d'un projet ANR JCJC (2011-2014) ; responsable d'une équipe projet interdisciplinaire à l'ITAV-CNRS (2011-2016) ; coordinateur d'un projet IDEX transversalité (2015-2017) ; coordinateur projet ANR CE42 AutoBioTip (2021-2024).

- Le Co-directeur de la thèse, Childérick Severac, développe des thématiques dans l'instrumentation pour la mécanobiologie au sein du Laboratoire RESTORE et dans le champ thématique de la régénération tissulaire. Ingénieur de recherche en charge du MécanoBioFab du Centre d'Expertises et de Ressources Technologiques, il est aussi membre de l'équipe de recherche GOT-IT de RESTORE. Il est l'auteur de plus de 45 publications scientifiques et de 5 brevets.

Au sein du projet Autobiotip financé par l'ANR, qui constitue l'environnement de ce projet de thèse, les deux directeurs de thèse son associés en raison de leur complémentarité technico-sceintifique. Etienne Dague est responsable de la coordination scientifique et Childérick Séverac est le coordinateur pour le laboratoire RESTORE. Plus spécifiquement il est en charge des développement scientifiques et techniques liés à l'automatisation de l'AFM. De plus, de par son appartenance à l'équipe CERT comme responsable du MécanoBioFab de RESTORE, il apporte les problématiques liées à la biophysique et à la biomécanique des cellules et des tissus avec une ouverture sur l'ensemble des équipes du laboratoire.

Contraintes et risques

Néant

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