En poursuivant votre navigation sur ce site, vous acceptez le dépôt de cookies dans votre navigateur. (En savoir plus)

Doctorant (H/F) : Cinétiques enzymatiques de remodelage de la matrice extracellulaire : caractérisations analytique et biophysique de modèles synthétiques

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : mercredi 3 novembre 2021

Assurez-vous que votre profil candidat soit correctement renseigné avant de postuler. Les informations de votre profil complètent celles associées à chaque candidature. Afin d’augmenter votre visibilité sur notre Portail Emploi et ainsi permettre aux recruteurs de consulter votre profil candidat, vous avez la possibilité de déposer votre CV dans notre CVThèque en un clic !

Faites connaître cette offre !

Informations générales

Référence : UPR4301-MARPER-061
Lieu de travail : ORLEANS
Date de publication : mercredi 13 octobre 2021
Nom du responsable scientifique : Prof. Josef Hamacek, Prof. Anand Yethiraj
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 décembre 2021
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

La thèse proposée s'intègre dans le projet X-CROWD soutenu par l'ANR, qui vise à étudier des réactions enzymatiques de remodelage de la matrice extracellulaire. Les travaux menés par le doctorant recruté seront principalement focalisés sur les études cinétiques des principales metallo-enzymes en présence de crowders monodisperses et des mélanges binaires avec différentes fractions molaires partielles de crowders de deux tailles différentes. Ces conditions contrôlées nous permettront de recueillir des informations sur l'effet de la taille relative enzyme/obstacle, importantes pour aborder les situations plus complexes où la taille du crowder évolue avec le temps de réaction. Le doctorant devra caractériser simultanément ces milieux encombrés (DLS, propriétés rhéologique) et leurs interactions avec les substrats/enzymes (PFG-NMR). Ces dernières expériences seront effectuées au Canada à la Memorial University of Newfoundland (MUN) en collaboration avec le groupe de matière molle du prof. Anand Yethiraj, dans le cadre d'une co-tutelle internationale de cette thèse entre Université d'Orléans et MUN. Par ailleurs, ces études se concentreront sur les substrats modèles de taille limitée afin de bien identifier l'effet de la matrice artificielle. A titre d'exemple, des oligomères d'acide hyaluronique (HA) purs (octamers, decamers) provenant de sources commerciales seront utilisés comme substrats pour sonder la cinétique de la hyaluronidase. Les cinétiques seront suivies par spectrophotométrie (dosages néocuproine et/ou Morgan-Elson, turbidimétrie). La spéciation lors des cinétiques qui s'avèrent être le plus impactées par l'encombrement sera sondée avec l'electrophorèse capillaire et/ou la spectrométrie de masse. Substrats fluorogènes peptidiques seront utilisés par exemple dans le cas des collagénases et/ou élastases. Ces substrats spécifiques permettent de récupérer la fluorescence après clivage sans qu'il soit nécessaire de séparer les produits. Par ailleurs, le mécanisme d'inhibition de ces enzymes dans des milieux encombrés sera également étudié. Des modèles cinétiques seront développés par l'équipe des théoriciens de X-CROWD pour rationaliser les résultats expérimentaux obtenus. Par la suite ces travaux seront étendus aux substrats naturels afin de consolider les simulations théoriques du remodelage de matrice extracellulaire.

Contexte de travail

Au sein du Centre de Biophysique Moléculaire (CBM - UPR4301) situé à Orléans sur le campus CNRS, le(la) doctorant(e) exercera ses activités au sein du groupe thématique « Assemblages moléculaires et systèmes complexes ». Le CBM développe des recherches à l'interface de la Chimie, de la Biologie et de la Physique qui s'intéressent aux mécanismes moléculaires du Vivant et aux dysfonctionnements qui conduisent au développement de certaines maladies. L'étudiant bénéficiera des infrastructures et des équipements du CBM.
La thèse est financée par un programme ANR. Le(la) doctorant(e) sera encadré(e) par les chercheurs du groupe de recherche du prof. Josef Hamacek. Une co-tutelle internationale sera établie entre CBM/Université d'Orléans et Memorial University of Newfoundland (MUN), (St. John's, Canada) où le doctorant va effectuer certaines expériences (PFG/NMR). Le(la) doctorant(e) sera amené(e) à interagir avec les autres partenaires du projet.

Informations complémentaires

Le candidat devra avoir de bonnes aptitudes de communication orale et écrite en anglais. Nous recherchons un(une) étudiant(e) motivé(e) et curieux, qui saura s'investir pleinement dans son projet.
Les candidats doivent envoyer leur CV et leur lettre de motivation via le site internet emploi.cnrs.fr. De plus, le candidat devrait fournir un résumé d'une page du mémoire de master en français et en anglais, au moins une référence (personne susceptible d'être contactée), et les notes de M2.
Seules les candidatures reçues via cette procédure CNRS seront considérées.

On en parle sur Twitter !