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Contrat de Thèse de 3 ans (80 prime) en virologie et nouvelles imageries (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : lundi 11 juillet 2022

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Informations générales

Référence : UMR9198-YVEGAU-008
Lieu de travail : GIF SUR YVETTE
Date de publication : lundi 20 juin 2022
Nom du responsable scientifique : Yves Gaudin (Département de Virologie de l'I2BC) , Ignacio Izeddin et Olivier Thouvenin (Institut Langevin, ESPCI, CNRS, PSL)
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 octobre 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

De nombreux virus forment des compartiments spécialisés, appelés usines virales, qui abritent certaines étapes de leur réplication dans la cellule infectée. Dans le cas des Mononegavirales, ces usines se comportent comme des organites liquides, sans membrane, formés par séparation de phases liquides, ce qui permet la ségrégation des protéines virales et empêche les défenses immunitaires d'y accéder.
Par ailleurs, l'infection virale induit aussi dans la cellule la formation de condensats de protéines cellulaires régulant l'immunité innée.
Du fait de leurs propriétés physico-chimiques, ces organites et condensats liquides sont sensibles à la fixation des cellules. Ceci impose de pouvoir travailler sur des cellules vivantes avec des versions fluorescentes des protéines impliquées qui peuvent avoir des propriétés différentes de la protéine sauvage. Par conséquent, les techniques d'imagerie optique de fluorescence ne sont pas toujours adaptées à l'observation de ces structures.
Ce projet a pour objectif de développer de nouvelles microscopies endogènes permettant de caractériser les usines du virus de la rage. En exploitant différents systèmes minimaux, récapitulant les propriétés des usines virales et pouvant être imagés sans condition de confinement particulière, il vise à développer un microscope combinant imagerie optique endogène haute résolution, microscopie de fluorescence et FRAP. Ce projet permettra la quantification de la formation et la dynamique des usines virales et de leurs interactions avec les composants de l'immunité innée qui eux-mêmes sont capables de s'associer en condensats ayant des propriétés liquides.

Contexte de travail

Cette thèse est financée par le CNRS dans le cadre du programme 80 prime. L'étudiant travaillera dans le cadre d'une collaboration entre une équipe de virologues travaillant au sein de l'Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC) et une équipe de physiciens en interaction avec des biologistes et des médecins appartenant à l'Institut Langevin.
L'équipe de l'I2BC (https://www.i2bc.paris-saclay.fr/rhabdovirus/) est reconnue pour ses travaux en virologie moléculaire, cellulaire et structurale particulièrement dans les domaines de l'entrée des rhabdovirus, des usines formées par le virus de la rage et de leurs interactions avec l'immunité innée. Elle est constituée de trois chercheurs statutaires, d'une maître de conférence et de deux ingénieures et accueille en ce moment 2 post-doctorants, deux thésardes et une ingénieure en CDD. Elle appartient au Département de Virologie de l'I2BC (https://www.i2bc.paris-saclay.fr/disciplinary-department/virology-department/). L'étudiant aura donc accès à toutes les facilités du département et bénéficiera aussi des nombreuses plateformes technologiques de l'Institut en particulier celle d'imagerie.
L'équipe 2 de l'Institut Langevin, ESPCI Paris - PSL est une équipe de physiciens en imagerie pour la Biologie et la Médecine. Elle est reconnue pour le développement d'outils d'imagerie optique sans marquage, et de la microscopie de molécules uniques et de super-résolution. On citera la détection et la caractérisation de virus nanométriques, la tomographie dynamique d'organoïdes, et le suivi de dynamique moléculaire dans le noyau. Elle est constituée de deux enseignants chercheurs en optique, deux professeurs émérites (en physique et virologie). Elle s'intègre dans un groupe d'imagerie biomédicale, avec une dizaine d'étudiants et post-docs. Elle appartient à l'Institut Langevin (https://www.institut-langevin.espci.fr/home), laboratoire spécialisé dans la physique des ondes, optique, acoustique, électromagnétisme.

Contraintes et risques

Le travail au sein de l'I2BC sera mené dans un environnement L2. Le projet impliquant la manipulation du virus de la rage nécessite la vaccination de l'étudiant.
Le travail au sein de l'Institut Langevin implique l'utilisation de laser de classes 3,4.

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