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CDD doctorant (H/F) en microbiologie du sol et du rhizosphère

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Informations générales

Référence : UMR9198-PETMER-001
Lieu de travail : GIF SUR YVETTE
Date de publication : lundi 29 juin 2020
Nom du responsable scientifique : Tatiana Timtchenko
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 octobre 2020
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

Ménage à Trois: Fonctions de colonisation de l'hôte chez l'endophyte végétale et symbiote d'insectes phytophages Burkholderia insecticola.

Divers burkholderia du sol peuvent coloniser la rhizosphère des plantes, mais les mécanismes moléculaires qui leur permettent de le faire restent largement inconnus. Nous avons déjà montré la puissance d'une approche combinée d'ARN-seq et Tn-seq pour identifier à l'échelle du génome entier les fonctions de B. insecticola nécessaires pour coloniser l'insecte phytophages Riptortus pedestris. Dans le cadre de ce projet de thèse, le doctorant utilisera l'approche Tn-seq pour identifier les fonctions requises pour la colonisation du sol et des plantes chez cette bactérie. Combiné à l'ensemble de données sur les insectes, une description complète du paysage de fitness de cette bactérie dans tous ses modes de vie connus sera obtenue. Cela permettra de comparer les fonctions génétiques requises dans ces environnements, ce qui sera utile d'un point de vue fondamental pour comprendre les similitudes et les différences entre ces trois niches écologiques différentes pour cette bactérie. L'étude offrira en outre un point de départ pour l'interférence ciblée avec la symbiose des insectes comme stratégie de lutte contre des ravageurs tout en maintenant ou même améliorer les capacités de colonisation des plantes.

Contexte de travail

De nombreuses bactéries du genre Burkholderia sont des PGPRs (Plant-Growth Promoting Rhizobacteria) très performants. Ces Burkholderia peuvent améliorer la production de biomasse végétale ainsi que la résistance contre les stress biotiques et abiotiques. Cependant, plusieurs espèces sont également des symbiotes d'insectes phytophages stimulant la croissance, le développement et la fécondité de ces insectes, qui sont des ravageurs importants des cultures végétales. Ainsi, ces bactéries peuvent être une arme à double tranchant pour une utilisation dans l'agriculture. La bactérie du sol Burkholderia insecticola est le symbiote de la punaise des haricots Riptortus pedestris, un insecte nuisible du soja et d'autres légumineuses, provoquant des pertes de récoltes en endommageant les graines, les rendant inutilisables pour la consommation. Les données préliminaires confirment que cette espèce burkholderia peut également coloniser efficacement la rhizosphère des plants de soja et même infecter les cellules racinaires corticales des plants de riz. Ainsi, B. insecticola, les plants de soja et les insectes de haricots semblent être impliqués dans un ménage à trois dans lequel chacun interagit étroitement avec les deux autres membres, soit dans une relation mutualiste, commensale ou pathogène. Au cours des dernières années, nous avons développé de nombreuses approches différentes pour démêler les mécanismes moléculaires de l'interaction B. insecticola-haricot bug, à la fois dans l'insecte et dans les bactéries. Cependant, les autres aspects du mode de vie de cette bactérie, sa survie dans le sol et la colonisation des plantes, sont sous-étudiés. Dans le cadre de ce projet de doctorat, il est proposé d'étudier plus en détail la capacité de la souche à coloniser les sols et les plantes et d'identifier les déterminants bactériens impliqués. En termes plus généraux, les bactéries du sol et de la rhizosphère ont des fonctions importantes dans des processus du sol et dans la promotion de la croissance et de l'immunité des plantes. Ces fonctions sont étudiées intensivement. Les besoins génétiques des bactéries qui leur permettent de coloniser les racines et ceux nécessaires à la survie dans les sols ne sont pas connus. Ce projet mettra en lumière ces deux dernières questions.

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