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Modélisation moléculaire de l'endommagement de l'ADN dans le nucleosome H/F

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : vendredi 10 février 2023

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Informations générales

Référence : UMR8520-NORBEN-004
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : VILLENEUVE D ASCQ
Date de publication : vendredi 20 janvier 2023
Nom du responsable scientifique : Fabrizio CLERI
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 13 février 2023
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

Dans cette thèse à l'interface entre physique et biologie, le candidat retenu développera et construira des modèles moléculaires de nucléosomes portant des sites d'ADN endommagés, et des modèles des protéines de réparation (UDG et OGG1 glycosylases) par amarrage moléculaire, interagissant avec l'ADN courbé et tordu, tel que l'on trouve dans le nucléosome. Les simulations numériques de dynamique moléculaire fourniront une compréhension détaillée des mécanismes d'action microscopiques de l'UDG et de l'OGG1, dans le contexte d'un nucléosome unique, en élucidant le rôle des queues d'histones et de certaines modifications clés des histones. Une deuxième partie de ce projet expérimental-théorique se concentrera sur la dynamique moléculaire à très grande échelle de réseaux de 3 à 12 poly nucléosomes incluant également des défauts d'ADN, et l'impact des glycosylases sur le réarrangement structurel local sur ces sous-unités de chromatine à petite échelle.

Contexte de travail

Le projet ANR DYPROSOME, d'une durée de 4 ans, est une étude combinée théorique et expérimentale, des mécanismes moléculaires de reconnaissance par lesquels les protéines de réparation du processus d'excision de bases (BER) identifient les premiers stades des dommages à l'ADN dans le nucléosome. Notre objectif est de comprendre, entre autres : a) comment les régions d'ADN endommagées localisées dans les nucléosomes sont identifiées par les ADN glycosylases ; b) l'effet qu'un degré variable de compactage des nucléosomes a sur l'accès des protéines de réparation à l'ADN endommagé ; c) la dynamique intrinsèque des nucléosomes dans le processus de reconnaissance, le déplacement et réarrangement de l'ADN dans le nucléosome, ainsi que l'implication des cœurs et queues d'histones ; d) comment la présence de structures d'ordre supérieur, composées de nombreux nucléosomes, affecte la reconnaissance par les glycosylases.
Des expériences de biochimie et de cryo-microscopie viendront compléter les simulations moléculaires et les développements théoriques de mécanique statistique. Les autres équipes participantes à ce projet, porté et piloté par le prof. Cleri de l'IEMN, sont : l' Unité de Glycobiologie Structurelle et Fonctionnelle, UGSF Cnrs UMR 8576, Univ LILLE ; le Laboratoire de Biologie et Modélisation de la Cellule, LBMC Cnrs UMR 5239, ENS Lyon ; l' Institut Avancé des Biosciences, Cnrs UMR 5309, Univ Grenoble-Alpes.

Contraintes et risques

Des déplacements entre les sites partenaires, ainsi que des participations à des écoles, conférences et ateliers en France et a l'étranger seront à prévoir.

Informations complémentaires

Profil recherché : les candidats titulaires d'un Master2 en physique, chimie ou biologie seront considérés. Une bonne attitude vis-à-vis des développements théoriques en biophysique, et de la modélisation informatique est importante. Des compétences en programmation (Fortran, C/C++, Python) constituent un titre de préférence. La langue de travail du groupe est l'anglais ; le français n'est pas obligatoire, mais le programme universitaire propose des cours de langue gratuits.
Les candidatures devront inclure : un CV détaillé ; au moins deux références (personnes susceptibles d'être contactées) ; une lettre de motivation d'une page ; un résumé d'une page du mémoire de master ; les notes de Master 1 et 2.

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