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CDD Doctorant/Contrat Doctoral H/F

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : samedi 26 juin 2021

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Informations générales

Référence : UMR8227-SOPLAB-023
Lieu de travail : ROSCOFF
Date de publication : samedi 5 juin 2021
Nom du responsable scientifique : DITTAMI Simon
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 septembre 2021
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

L'holobionte d' Ascophyllum nodosum - évaluation de l'impact de la saison, de l'origine, et des communautés microbiennes sur les propriétés/activités biologiques des extraits produits.

Ascophyllum nodosum est une algue brune commune trouvée le long des côtes de l'océan Atlantique Nord. Une caractéristique unique de cette algue est son association mutualiste avec l'endophyte fongique « Mycophycias ascophylli » et d'autres champignons et bactéries. À ce jour, le rôle de ces symbiotes pour l'algue reste encore peu étudié, d'après certaines études ils protègent la phase de germination d'A. nodosum contre la dessiccation et améliorent sa capacité d'adaptation face aux contraintes de son environnement. A. nodosum constitue également une matière première importante et valorisée depuis plusieurs années pour la production d'extraits destinés à la biostimulation et la protection de cultures. Différentes molécules telles que des polysaccharides originaux (laminarine, fucoïdanes, alginates), le mannitol, les bétaïnes, les polyamines et les composés polyphénoliques, pourraient être impliquées dans ces bioactivités, mais l'identité exacte et l'origine des molécules actives restent encore inconnues. De plus, nous n'avons toujours aucune information sur la façon dont les interactions avec les symbiotes peuvent avoir un impact sur la synthèse de ces molécules et donc sur les propriétés biostimulantes des extraits d'A. nodosum. Cette thèse contribuera à enrichir les connaissances sur l'holobionte d'A. nodosum via des approches multi-omiques et de biologie des systèmes :

- En mesurant les variations géographiques et temporelles de la composition et la diversité microbienne de cet holobionte sur deux sites, en Bretagne et en Irlande, par un suivi saisonnier et du métabarcoding.

- En analysant les fonctions de l'holobionte par le séquençage du métagenome d'Ascophyllum nodosum à partir d'échantillons des deux sites. L'assemblage et l'annotation seront réalisés à partir des génomes séquencés de toutes les composantes de l'holobionte: bactérienne, fongique et algale.

- En prédisant in silico les complémentarités métaboliques entre partenaires, les molécules spécifiques d'intérêt potentiel, ainsi que les communautés fonctionnelles microbiennes simplifiées. Cela sera fait sur la base des metagénomes et la reconstruction des réseaux métaboliques.

- En testant les effets de microbes co-cultivés avec les algues sur les propriétés métaboliques de l'holobionte, puis sur les activités biostimulantes des extraits.

Contexte de travail

Ces travaux seront menés dans le cadre du projet ANR SEABIOZ avec des partenaires académiques (Station Biologique de Roscoff, IRISA Rennes, Muséum d'Histoire Naturelle Paris) et un partenaire industriel (Agro Innovation International, CMI Roullier, Saint-Malo). Ce contrat doctoral s'inscrit dans une démarche pluridisciplinaire entre le séquençage à haut débit, la métabolomique et la biologie des systèmes. Le travail de thèse couvrira principalement la recherche fondamentale, mais il y aura des liens avec des applications industrielles potentielles. Le ou la candidat·e réalisera ses travaux expérimentaux au Laboratoire de Biologie Intégrative des Modèles Marins à Roscoff (LBI2M, UMR8227, Sorbonne Université / CNRS) à l'aide des outils des plateformes Genomer et ABIMS (FR2424, Illumina Mi-Seq, Nanopore MiniION, Galaxy suite de traitement de données) ainsi que de l'infrastructure EMBRC-Fr. La collecte d'échantillons biologiques sera réalisée sur le terrain en Bretagne et en Irlande. L'expertise en bioinformatique sera apportée par l'Institut de Recherche en Informatique de Rennes (IRISA, UMR6074, groupe Anne Siegel) et par la plateforme ABIMS de Roscoff. Ces travaux seront co-dirigés par Simon Dittami (CRCN CNRS, UMR8227, LBI2M) et Catherine Leblanc (DR CNRS HDR, UMR8227, LBI2M). Le ou la candidat·e sera inscrit·e à l'école doctorale 227 de Sorbonne Université- MNHN.

Contraintes et risques

Le ou la doctorant·e manipulera des solvants organiques sous sorbonne et pratiquera des expériences de microbiologie sur des souches non-pathogènes tout en respectant les bonnes pratiques de laboratoire et les normes de qualité en vigueur (ISO 9001 et NFX 50-900).

Informations complémentaires

Les candidatures devront inclure un CV détaillé ; au moins deux références (personnes susceptibles d'être contactées) ; une lettre de motivation d'une page ; un résumé d'une page du mémoire de master ; les notes de Master 2 ou d'école d'ingénieur obtenues jusqu'alors.
Merci de postuler via le portail emploi CNRS

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