En poursuivant votre navigation sur ce site, vous acceptez le dépôt de cookies dans votre navigateur. (En savoir plus)

Thèse en phylogénie des archées (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Assurez-vous que votre profil candidat soit correctement renseigné avant de postuler. Les informations de votre profil complètent celles associées à chaque candidature. Afin d’augmenter votre visibilité sur notre Portail Emploi et ainsi permettre aux recruteurs de consulter votre profil candidat, vous avez la possibilité de déposer votre CV dans notre CVThèque en un clic !

Faites connaître cette offre !

Informations générales

Référence : UMR8079-DAVMOR-001
Lieu de travail : ORSAY
Date de publication : lundi 9 septembre 2019
Nom du responsable scientifique : David Moreira
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 décembre 2019
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

Au cours de dernières décennies, l'application de techniques moléculaires comme le métabarcoding et la métagénomique a conduit à la découverte d'une grande diversité d'archées, dont certaines définissent des nouveaux phylums. C'est le cas notamment des lignées classées dans le supergroupe DPANN. Ces archées montrent un taux d'évolution rapide et la perte de nombreux gènes, deux traits probablement liés à un mode de vie parasite. Ces caractéristiques rendent très difficile l'analyse de la phylogénie de ces organismes, dont la position dans l'arbre des archées reste incertaine. Une conséquence de ce problème est la difficulté à placer la racine de cet arbre. Dans ce projet de thèse, le(a) candidat(e) profitera de l'accès à des nouvelles séquences génomiques d'archées DPANN diverses pour mener des analyses phylogénétiques et de génomique comparative afin de 1) retrouver la position phylogénétique de ces archées, 2) reconstruire l'histoire évolutive de leurs génomes (gain et perte de gènes), et 3) placer la racine de l'arbre des archées.

# Activités #
- Assemblage et annotation de nouvelles séquences génomiques d'archées DPANN
- Identification de gènes conservés chez les archées
- Analyses phylogénétiques et phylogénomiques (maximum de vraisemblance, inférence Bayésienne, etc.)
- Analyses de génomique comparative, inférence des gains et pertes de gènes chez les archées DPANN, reconstruction du contenu en gènes ancestral chez les différentes lignées.

# Compétences requises #
Les candidat(e)s devront avoir un excellent niveau de connaissances en bioinformatique dans l'analyse de génomes pour les étapes d'assemblage et d'annotation et/ou dans l'analyse phylogénétique et phylogénomique.

Aptitudes additionnelles requises:
- Maîtrise de l'anglais (écrit, oral).
- Bonnes capacités de présentation et de communication.
- Autonomie, capacité d'organisation.

Contexte de travail

L'unité Ecologie, Systématique et Evolution (ESE) est un laboratoire CNRS - Université Paris-Sud - AgroParisTech, localisé sur le campus de l'Université Paris-Sud, Université Paris-Saclay à Orsay. Le campus est situé à 20 km au sud de Paris et facilement accessible en RER.

Le(a) candidat(e) mènera son travail au sein de l'équipe DEEM (Diversité, Ecologie et Evolution Microbiennes: http://www.deemteam.fr) qui s'intéresse à la diversité des microorganismes et à leur évolution en utilisant des approches de phylogénie moléculaire et de génomique comparative. Le(a) candidat(e) sera co-encadré par David Moreira (david.moreira@u-psud.fr), Purificación López-García (puri.lopez@u-psud.fr) et Laura Eme (laura.eme@u-psud.fr).

On en parle sur Twitter !