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Doctorant en physique statistique de l'immunologie H/F

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Informations générales

Référence : UMR8023-THIMOR-001
Lieu de travail : PARIS 05
Date de publication : jeudi 4 avril 2019
Nom du responsable scientifique : Thierry Mora
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 octobre 2019
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

Motivation: Les vertébrés utilisent un répertoire varié de récepteurs immunitaires adaptatifs, tels que les récepteurs des cellules T (TCR), pour se protéger contre les agents pathogènes et les aberrations internes telles que les cellules malignes. Les progrès récents en matière de séquençage à haut débit permettent maintenant de profiler en profondeur des répertoires individuels. Ce séquençage de répertoire (RepSeq) est très prometteur pour déterminer le statut immunitaire des individus, mesurer leur réponse aux vaccins ou aux immunothérapies et prévoir leur réaction aux infections. Toutefois, si nous voulons utiliser les répertoires immunitaires comme outils de diagnostic en médecine ou induire des modifications dans les répertoires pour cibler la maladie, nous devons avoir une très bonne idée de ce qui constitue le répertoire d'un individu en bonne santé et de son développement.

Objectif: Le but de ce projet de thèse est de développer des outils d'analyse de données inspirés par la mécanique statistique pour comprendre comment la sélection positive et négative au cours du développement thymique façonne le répertoire sain des lymphocytes T et influe sur le phénotype et la fonction des lymphocytes T.

Approche: Nous obtiendrons des données RepSeq de sous-populations bien définies de cellules T auprès de nos collaborateurs de l'Institut Weizmann. Ces séquences seront échantillonnées lors de leur développement dans le thymus. Le projet vise à développer de nouveaux outils d'analyse inspirés de la statistique statistique des systèmes désordonnés et des expériences sur mesure pour identifier les signatures de la sélection (positive et négative) au cours du développement thymique. Cela favorisera notre compréhension de la manière dont la sélection thymique façonne le répertoire sain du TCR, ainsi que les recherches sur les liens potentiels entre la sélection thymique et des pathologies telles que l'auto-immunité.

Références:
Elhanati, Y., Murugan, A., Callan, C. G., Mora, T., & Walczak, A. M. (2014). Quantifying selection in immune receptor repertoires. Proceedings of the National Academy of Sciences, 111(27), 9875–9880. http://doi.org/10.1073/pnas.1409572111

Sethna, Z., Elhanati, Y., Dudgeon, C. S., Callan, C. G., Levine, A. J., Mora, T., & Walczak, A. M. (2017). Insights into immune system development and function from mouse T-cell repertoires. Proceedings of the National Academy of Sciences, 114(9), 2253–2258. http://doi.org/10.1073/pnas.1700241114

Contexte de travail

Les recherches seront menées à l'Ecole normale supérieure (filiale de PSL University), la principale institution universitaire et de recherche en France. Il est situé au cœur du quartier latin, parmi une forte densité d'établissements de recherche de premier plan. Votre contrat sera avec le Centre national de la recherche scientifique, qui coordonne la recherche publique en France.

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