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Doctorat H/F/X en physique statistique

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : mercredi 8 février 2023

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Informations générales

Référence : UMR8023-FRAZAM-008
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : PARIS 05
Date de publication : mercredi 18 janvier 2023
Nom du responsable scientifique : Francesco Zamponi
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 septembre 2023
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

L'évolution des protéines se déroule via une interaction entre des mutations aléatoires au niveau génétique et sélection au niveau protéique. On peut donc modéliser l'évolution comme un processus stochastique dans un paysage séquentiel. Nous avons montré que cette idée conduit à les modèles évolutifs, qui grâce à l'inclusion de l'épistasie surpassent qualitativement et modèles d'évolution de sites indépendants quantitativement existants. Notre objectif est d'utiliser Monte Carlo échantillonnage et échantillonnage des chemins de transition dans nos paysages de séquence, afin de trouver reliant les chemins dans l'espace de séquence modifiant la spécificité des protéines, qui sera caractérisée expérimentalement. Nous voulons également utiliser des techniques similaires pour reconstruire des chemins évolutifs des séquences d'acides aminés ancestrales aux séquences existantes. Cela nous permettra d'aborder certaines des questions les plus fondamentales et les plus fascinantes en biologie évolutive : (i) quantifier le rôle de l'épistasie dans l'évolution des protéines, en particulier la contingence des mutations au contexte de séquence façonné par des mutations antérieures, et la enracinement par des mutations ultérieures ; (ii) étudier l'émergence de nouvelles protéines fonctionnent lorsque la protéine ancestrale reconstruite et la protéine existante ont des fonctions fonctionnelles distinctes spécificités, et reconstruire des intermédiaires ancestraux.

Contexte de travail

Le département de physique couvre un spectre très large de thématiques.

Contraintes et risques

Aucune

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