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Doctorant (H/F) en développement de méthodes d'apprentissage automatique pour l'analyse d'images de cryo-microscopie électronique pour la biologie structurale

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

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Informations générales

Référence : UMR7590-SLAJON-001
Lieu de travail : PARIS 05
Date de publication : lundi 2 septembre 2019
Nom du responsable scientifique : Slavica JONIC
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 novembre 2019
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

Cette thèse de doctorat sera focalisée sur le développement des méthodes d'apprentissage automatique pour l'analyse d'images issues de la cryo-microscopie électronique. Ces méthodes devraient permettre l'étude de la variabilité conformationnelle continue des complexes biomoléculaires (https://doi.org/10.1016/j.sbi.2016.12.011). Des méthodes d'apprentissage supervisé et non-supervisé seront explorées dans ce contexte. Dans le cas de l'apprentissage supervisé, l'apprentissage sera basé sur les résultats d'une méthode qui combine l'analyse d'images de la cryo-microscopie électronique avec la simulation de la mécanique moléculaire, précédemment développée dans l'équipe (https://doi.org/10.1016/j.str.2014.01.004).

Compétences et qualités requises :
- Fortes compétences en apprentissage automatique et traitement d'images
- Fortes compétences en programmation
- Bonnes aptitudes interpersonnelles
- Bonnes compétences en communication orale et écrite
- Créativité
- Intérêt pour l'analyse des données de biologie structurale

Contexte de travail

Ce travail sera réalisé dans le contexte d'un projet financé par l'ANR, à l'Institut de minéralogie, de physique des matériaux et de cosmochimie (IMPMC-UMR 7590, Sorbonne Université, 75005 Paris). L'IMPMC est une unité mixte de recherche CNRS - Sorbonne Université - Muséum National d'Histoire Naturelle qui compte environ 200 membres. Le laboratoire est fortement pluridisciplinaire, composé de chercheurs, enseignants-chercheurs, et ingénieurs issus des disciplines différentes (physique, science de la Terre, biologie, chimie, informatique, etc.). Des thèmes de recherche expérimentale et théorique divers y sont traités tel que l'élucidation de la structure des matériaux et des assemblages macromoléculaires, investigation de leurs propriétés dynamiques, étude des interactions entre le vivant et le minéral, etc.

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