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Doctorant-e en bioinformatique (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

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Informations générales

Référence : UMR7288-CATCOR-033
Lieu de travail : MARSEILLE 09
Date de publication : lundi 3 décembre 2018
Nom du responsable scientifique : Bianca HABERMANN
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 février 2019
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 1 768,55 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

L'exploration visuelle de données (VMD) est une méthode puissante pour l'exploration en profondeur des données -omiques. La plateforme mitoXplorer développée dans notre laboratoire est une plateforme VMD conviviale et hautement interactive qui permet d'explorer la dynamique d'expression des gènes associés aux mitochondries (mito-genes) dans une variété de tissus, organismes et conditions différents.
Dans le cadre du projet MITO-DYNAMICS, cette thèse s'articule autour de l'extension de la plateforme mitoXplorer et de son application à l'étude de la dynamique des mitochondries lors du vieillissement musculaire dans deux systèmes de modèles différents.
L'amélioration de mitoXplorer pour pouvoir intégrer les mito-gènes dans le contexte cellulaire, par l'incorporation d'outils d'intégration de données, est au cœur de l'étude. Il s'agit notamment de l'intégration de données épigénétiques, ainsi que de données pour l'exploration du réseau régulateur des mito-gènes. De plus, des valeurs numériques issues de paramètres physiologiques, sous forme de mesures métaboliques mitochondriales, ainsi que des mesures morphologiques devraient être incorporées dans la plateforme mitoXplorer pour corréler la dynamique d'expression aux changements du métabolisme et de la structure mitochondriale.

Contexte de travail

- Le/la doctorant/e effectuera
1) l'analyse des données -omiques provenant de NGS-sequencing et des études protéomiques ; 2) l'extension programmatique de la plateforme mitoXplorer.
Il/elle devra avoir des connaissances préalables en programmation Python, Javascript et Java, ainsi qu'utiliser régulièrement des logiciels d'analyse statistique, tels que R, et effectuer des analyses de données basées sur NGS et protéomiques.

Afin d'effectuer les tâches nécessaires dans le cadre de ce projet, le/la doctorant/e utilisera des pipelines d'analyse de données provenant du domaine de l'analyse de NGS-sequencing et de la protéomique, ainsi qu'une analyse statistique utilisant R.
Il/elle travaillera avec des outils logiciels conçus en laboratoire ou à l'extérieur, dont mitoXplorer, viPEr/PEANuT et AnnoMiner.
Il/elle devra régulièrement programmer en utilisant les langages de programmation Python, Java et Javascript.
Il devra régulièrement présenter les résultats, rendre compte de l'avancement de la programmation, ainsi que mettre en forme et les présenter régulièrement en anglais lors des réunions de groupe.

Le - La doctorant-e sera dirigé par le Dr Bianca Habermann, responsable de l'équipe « Biologie Computationnelle » (http://www.ibdm.univ-mrs.fr/fr/equipe/biologie-computationelle/) à l'Institut de Biologie du Développement de Marseille (IBDM).
L'IBDM situé sur le Campus de Luminy, comprend environ 240 personnes titulaires Chercheurs, Enseignants-Chercheurs, Ingénieurs et Techniciens et non permanents CDD, Post doc, Doctorants, stagiaires répartis sur 21 équipes de recherches et 11 plateaux techniques et services. L'IBDM est une unité mixte de recherche sous tutelle du CNRS et de l'AMU, qui explore le domaine de la Biologie du développement et des pathologies qui y sont associées.

Compétences requises :
- Aptitude à travailler en équipe
- Bonne aisance relationnelle
- Connaissances solides en programmation
- Bonne maitrise de l'Anglais : écrit et parlé
- Bonne capacité d'adaptation à de nouvelles techniques

Contraintes et risques

Les horaires peuvent être variables

Informations complémentaires

Merci de poster vos CV, lettre de motivation et de recommandation.

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