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Doctorant (H/F) pour le développement de sondes à COVs isotopiques pour le diagnostic et le pronostic des maladies : de la recherche fondamentale à l'essai clinique

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : jeudi 26 mai 2022

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Informations générales

Référence : UMR7285-PAUPOI-002
Lieu de travail : POITIERS
Date de publication : jeudi 14 avril 2022
Nom du responsable scientifique : Pauline POINOT
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 3 octobre 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

Avec l'émergence de la chémobiologie, de nombreuses sondes ont été conçues afin de suivre en temps réel les processus métaboliques dans des systèmes biologiques. Une grande majorité d'entre elles correspondent à des sondes off-on détectées par imagerie, qui utilisées in vitro ou in vivo, ont considérablement amélioré notre compréhension du fonctionnement des organismes vivants. Ciblant un large éventail d'espèces chimiques - allant des ions aux complexes protéiques - avec une résolution spatiale fine, ces outils bioorthogonaux ont permis d'« allumer » des anomalies cellulaires, et ce, même au sein de tissus profonds (> 1 mm). Alors que ces sondes ont offert de nouvelles perspectives en termes de diagnostic et pronostic médical, leur utilisation chez les mammifères reste limitée en raison de leur toxicité, leur faible stabilité et des verrous liés à leur pharmacocinétique et leur biodistribution.
Dans ce contexte, nous travaillons sur un concept émergent basé sur le développement de sondes off-on converties en composés organiques volatils (COVs). Ces sondes pourraient en effet représenter une alternative efficace pour fournir un premier aperçu d'événements physiopathologiques se produisant à l'intérieur même des organismes. Suivant ce paradigme, un petit nombre de sondes à base de COVs ont développées pour détecter in vitro des microorganismes pathogènes (Enterococcus faecium, Pseudomonas aeruginosa, Salmonella ou Listeria monocytogenes), ou pour mettre en évidence in vivo un dysfonctionnement hépatique ou gastrointestinal. Malgré l'efficacité de ces sondes, aucune n'a pour l'heure été transférée en clinique.
L'objectif de ce projet consistera à proposer une boîte à outils constituée d'une large gamme de sondes à base de COVs marqués, permettant de détecter, puis de suivre l'évolution, de processus physiopathologiques en temps réel. Dans le cadre de ce projet, un cocktail de sondes ciblant différentes glycosidases, oxydoréductases et protéases qui jouent un rôle clé dans de nombreux événements biologiques infectieux ou inflammatoires sera développé puis testé. Une fois métabolisées, les sondes libèreraient des COVs exogènes qui pourront alors être utilisés comme traceurs chimiques des activités métaboliques ciblées. En outre, les différents biomarqueurs enzymatiques pourront être cartographiés à l'échelle moléculaire, cellulaire, tissulaire et à l'échelle de l'individu.
Cette stratégie originale, fondée sur la simple détection d'isotopes stables de COVs, pourra alors constituer une avancée technologique majeure dans le domaine de la santé et de la médecine personnalisée.

Contexte de travail

Ce projet de recherche sera réalisé à l'Institut de Chimie des Milieux et Matériaux de Poitiers (IC2MP). L'IC2MP est un laboratoire de recherche interdisciplinaire hébergé par le CNRS et l'Université de Poitiers. Le(la) doctorant(e) travaillera au sein et appartiendra à l'équipe E-BiCoM dans le groupe « Stratégies innovantes pour l'exploration et la compréhension du vivant » qui est spécialisé dans la détection, le ciblage et la manipulation de biomarqueurs pour la compréhension du fonctionnement du vivant. Le(la) doctorant(e) sera placé(e) sous la responsabilité du Dr. P. Poinot. Les missions du projet de thèse seront :
- de développer et étudier l'efficacité d'un cocktail de sondes croisées enzymo-sensibles, à base de Composés Organiques Volatils (COVs), pour la détection et le suivi des processus inflammatoires et infectieux (études in vitro, in vivo et essai clinique) ;
- de développer de nouvelles sondes à COVs biologiques ou dérivées de métabolites biologiques, afin d"allumer" des voies métaboliques spécifiques des cellules cancéreuses épithéliales, en transition épithélio-mésenchymateuse, ou circulantes (étude in vitro), cellules infectées (par des bactéries ou virus), ou dans un environnement inflammatoire aigu.

Le/la candidat(e) doit posséder un master 2 ou équivalent dans un domaine associant au moins une des disciplines suivantes : chimie analytique, protéomique, métabolomique, biochimie, biologie. Des connaissances sont souhaitées en :
- Analyse par GC-MS des COVs
- Analyse par LC-MS des protéines
- Biochimie moléculaire et métabolique
- Enzymologie
- Culture cellulaire
- Aptitude à travailler avec des animaux
- Qualité rédactionnelles, capacité à publier et valoriser des travaux de recherche
- Aptitude au travail en équipe
- Une bonne maîtrise de l'anglais est requise.

Contraintes et risques

Exposition aux produits chimiques
Expérimentation animale (souris)

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