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THèse (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : lundi 22 août 2022

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Informations générales

Référence : UMR7275-GEOVAS-005
Lieu de travail : VALBONNE
Date de publication : lundi 1 août 2022
Nom du responsable scientifique : Georges Vassaux
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 3 octobre 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

Objectif : Le but de ce projet est de mettre au point, un test pour identifier une substance cancérigène non-génotoxique (NGTxC) pulmonaire. Les données générées, interprétées sous l'angle fondamental, permettront de mieux comprendre les étapes très précoces de la cancérogénèse.
Techniques utilisées : Ce programme de recherche combine un modèle cellulaire bien établi (épithelium pulmonaire 3D cultivé en interface air/liquide (ALI)) et une technique de pointe (transcriptomique sur cellules uniques ; sc-RNAseq). Sc-RNAseq est utilisée pour analyser la réponse génique d'une culture ALI à des substances cancérigènes. La technique de séquençage de type « long-read » sera également utilisée. Ces nouvelles techniques de transcriptomique ont été choisies car les approches plus classiques (analyse transcriptomique globale) n'ont donné aucun résultat exploitable dans un contexte industriel.
Etat d'avancement du projet : Ce programme de recherche a débuté au niveau expérimental en 2018. Les expériences réalisées à ce jour ont permis de mettre en place les protocoles expérimentaux et de réaliser les premières expériences de sc-RNAseq. Cette étude pilote, réalisée en utilisant trois substances NGTxC, nous a permis de mettre en place une plateforme expérimentale et d'analyse qui sera exploitée pour l'ensemble du projet. Les résultats obtenus ont validé l'hypothèse de base du projet, en démontrant que les différents types cellulaires composant la culture ALI répondent de manière différente aux NGTxC testés.
Programme de la thèse : Nous nous baserons sur cette expérience pour augmenter le nombre de NGTxC testés. Des expositions aigües et chroniques sont également prévues. Une « méta-analyse » de l'ensemble des données obtenues en sc-RNAseq sera réalisée grâce à des techniques basées sur la biologie des systèmes et l'intelligence artificielle. Cela permettra de faire émerger, une signature caractéristique commune à tous les NGTxC testés dans un ou plusieurs types cellulaires de l'épithélium pulmonaire.
Compétence : Elle/il sera en charge de l'analyse bio-informatique.
• Connaissances éprouvées en analyse transcriptomique
• Biologie (connaissance approfondie)
• Langue anglaise: >B2 (cadre européen commun de référence des langues)
• Mettre en œuvre des pipelines d'analyse transcriptomique sous R
• La maitrise de Python est un plus
• Aptitude à la communication orale et écrite (français/anglais)
• Capacité à travailler en étroite collaboration avec les différents collaborateurs français et étrangers du domaine.

Contexte de travail

Le poste est à pourvoir au sein de l'Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire à Valbonne – Sophia Antipolis (Alpes Maritimes). L'IPMC regroupe 20 équipes de recherche et des services communs pour un effectif global de plus de 220 personnes. La personne recrutée travaillera au sein de l'équipe de recherche « Génome non-codant et pathologies pulmonaires ». Elle travaille de manière étroite avec la plateforme de génomique de l'IPMC, UCAGenomiX.

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