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Thèse sur les adaptations au régime alimentaire dans le génome et le microbiome des mammifères myrmécophages (H/F)

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Informations générales

Référence : UMR5554-FREDEL-004
Lieu de travail : MONTPELLIER
Date de publication : lundi 27 juillet 2020
Nom du responsable scientifique : Frédéric Delsuc
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 octobre 2020
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

Missions:
Dans le cadre du projet ERC Consolidator ConvergeAnt (www.convergeant-project.com/), nous sommes à la recherche d'un(e) doctorant(e) avec une expérience dans le traitement de données transcriptomiques et génomique et la caractérisation du microbiome. L'objectif global du projet est d'étudier les mécanismes qui sous-tendent la convergence évolutive entre les différentes lignées de mammifères myrmécophages (qui se nourrissent essentiellement de fourmis et termites). Le projet propose une approche intégrative pour répondre à cette question en combinant l'étude de la morphologie, du génome, et du microbiome de ces différentes espèces. Le sujet de thèse comporte deux parties : une première partie portant sur la caractérisation des adaptions génomiques en lien avec le régime alimentaire myrmécophage et une deuxième partie explorant le rôle potentiel du microbiome dans la digestion des insectes sociaux. La partie génomique exploitera les génomes et les transcriptomes déjà séquencés pour reconstruire l'histoire évolutive de trois familles de gènes en lien avec le régime myrmécophage : les mucines (MUCs), les récepteurs gustatifs (TASRs), et les récepteurs olfactifs (ORs). La partie métagénomique se focalisera sur la reconstruction de génomes bactériens complets à partir d'échantillons fécaux déjà disponibles en vue de l'analyse des voies de dégradation de la chitine dans le microbiome intestinal des espèces myrmécophages. Le(la) candidat(e) sera en charge de la production des données moléculaires de la partie microbiome du projet en coordination avec l'ingénieure responsable du laboratoire par séquençage metagénomique en long reads (Nanopore).

Activités:
- Terrain : Possibilité de participer à des missions de collectes d'échantillons et séquençage sur le terrain en Guyane Française et en Afrique du Sud.
- Séquençage : Coordination des projets de séquençage en interaction avec les différentes personnes et plateformes impliquées dans le projet. Mise en œuvre du séquençage métagénomique sur le terrain avec le séquenceur portable MinION.
- Analyses : Assemblage et annotation fonctionnelle de données métagénomiques, caractérisation de voies métaboliques par analyses bioinformatiques.
- Publications : Rédaction d'articles scientifiques participation à des congrès internationaux.

Compétences:
- Expérience dans l'assemblage et l'annotation de génomes complets à partir de données métagénomiques (Illumina et Nanopore).
- Expérience avec l'analyse statistique de données de génomique et de transcriptomique comparative.
- Maitrise de l'anglais scientifique, oral et écrit.
- Capacité de travail individuel avec une grande rigueur.
- Capacité d'intégration et de travail en équipe.

Contexte de travail

Le projet ERC ConvergeAnt est porté par Frédéric Delsuc (http://fdelsuc.wixsite.com/homepage) de l'équipe Phylogénie et Evolution Moléculaire au sein de l'Institut des Sciences de l'Evolution (ISEM) UMR 5554 CNRS-UM-IRD-EPHE (http://www.isem.univ-montp2.fr/), situé sur le campus de l'Université de Montpellier. Ce projet intégratif fait l'objet de réunions régulières avec les autres personnes impliquées au sein du laboratoire auxquelles le(la) candidate devra participer.

Contraintes et risques

Non applicable

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