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Doctorant en Chime/Imagerie H/F

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : dimanche 22 mai 2022

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Informations générales

Référence : UMR5536-ERITHI-001
Lieu de travail : BORDEAUX
Date de publication : dimanche 1 mai 2022
Nom du responsable scientifique : Pr Eric Thiaudière / Pr Sylvain Marque
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 octobre 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

IMAGERIE MOLECULAIRE DE LA PROTEOLYSE : SYNTHESE DE BIS-RADICAUX ET APPLICATION À L'IRM DE L'INFLAMMATION
Contexte 
Le développement de la Médecine personnalisée implique la mise en œuvre de nouvelles approches diagnostiques visant à identifier les mécanismes moléculaires propres à l'émergence des pathologies. Dans ce cadre, les processus inflammatoires et certains cancers mettent en jeu l'activité d'enzymes, telles les protéases, qui constituent une cible de choix pour un diagnostic précoce. Les partenaires du présent projet ont acquis une expérience sur plus d'une décennie pour développer conjointement de nouvelles molécules radicalaires (nitroxydes) spécifiques de protéases qui soient détectables par une approche très originale d'Imagerie par Résonance Magnétique à champ faible reposant sur la présence de radicaux qui induisent un rehaussement de signal (contraste positif) par effet Overhauser. Le présent projet se propose d'évaluer de nouvelles molécules de type bis-radicaux en termes de spécificité enzymatique et leur capacité à produire une contraste en IRM dans le cadre de pathologies inflammatoires chez le rongeur.
Objectif et sujet de thèse
L'objectif de la thèse est la synthèse, la caractérisation physico-chimique et biochimique, et l'évaluation de la réponse biologique de nouveaux bis-radicaux liés à un motif peptidique pour révéler par IRM diverses inflammations chez le rongeur. Les sondes envisagées sont les molécules du type bis-nitroxydes ou nitroxyde-iminoxyl qui seront spécifiques de l'élastase du neutrophile ou de la metalloprotéinase-12.

Domaine et thématiques scientifiques

Le projet se situe au carrefour de la chimie organique radicalaire, la chimie-physique (notamment la spectroscopie de spin), l'enzymologie et l'imagerie. En tant que projet interdisciplinaire, l'activité s'effectuera sur deux sites (Bordeaux et Marseille).

Programme

- Synthèse chimique (UMR 7273, Aix-Marseille) et purification
- Caractérisation par RPE (UMR 7273, Aix-Marseille)
- Caractérisation enzymatique in vitro (UMR 5536, Bordeaux)
- Evaluation du potentiel diagnostique par IRM in vivo sur le rongeur (UMR 5536, Bordeaux)

Contexte de travail

Les deux équipes de recherche sont expertes dans leur domaine respectif : chimie et physico-chimie des espèces radicalaires (Marseille) et d'autre part biochimie et méthodologie IRM (Bordeaux). Chaque équipe possède les ressources matérielles et humaines pour développer ce type de projets à l'interface.

Les Laboratoires impliqués sont :

- Le Centre de Résonance Magnétique des Systèmes Biologiques, UMR5536, Bordeaux .

Ce laboratoire a été crée en 1995. Il comporte environ 50 chercheurs, ingénieurs et techniciens. Son domaine d'activité et la conception et l'utilisation de nouveaux outils en Résonance Magnétique pour caractériser le vivant, notamment in vivo sur l'individu intact. Parmi les thèmes de l'unité, on notera le développement de la Résonance Magnétique à champ faible, qui ouvre la voie à de nouvelles pratiques d'IRM.

- L'Institut de Chimie Radicalaire, UMR 7273, Aix-Marseille
Ce laboratoire de 120 membres est spécialisé en synthèse et développement de nouveaux radicaux pour de très nombreuses applications. En particulier le groupe CRAB (Chimie Radicalaire appliquée à la Biologie) propose de nouvelles molécules applicables dans de nombreux domaines biologiques.
Les encadrants de la thèse proposés sont :

- Pr Eric Thiaudière

Biochimiste, physico-chimiste, spécialiste d'IRM in vivo, notamment à champ faible. A encadré ou co-encadré plus de 10 thèses depuis 1996. Auteur de 90+ publications internationales. Impliqué dans 3 projets européens.

- Pr Sylvain Marque

Chimiste spécialisé dans la préparation des espèces radicalaires et leur étude par Résonance Paramagnétique Electronique. Il a encadré ou co-encadré plus de 15 thèses depuis 2000. Il est l'auteur de +200 publications internationales (h = 35). Il a été impliqué dans plusieurs projets industriels, nationaux, internationaux et européens.

Les Ecoles doctorales impliquées sont :
- L'Ecole Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé (Université de Bordeaux)
- L'Ecole Doctorale de Chimie (Aix-Marseille Université)

L'Ecole Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé couvre toutes les disciplines de la Biologie, et notamment la spécialité « Bioimagerie »

Contraintes et risques

La thèse s'effectuera sur deux sites : UMR 7273 (Marseille) et UMR 5536 (Bordeaux). De nombreux déplacements seront donc à prévoir mais priorité sera donnée à l'unité de lieu sur de longues périodes. Le début de la thèse s'effectuera sur le site de Marseille.
Les conditions de sécurité seront remplies en fonction des normes en vigueur. Chaque Unité dispose d'un service dédié à l'hygiène et la sécurité, et une formation dédiée sera dispensée en ce sens. Aucun risque majeur n'est associé à l'activité de recherche

Informations complémentaires

Compétences attendues :

Le candidat devra être titulaire d'un diplôme au niveau Master ou Diplôme d'Ingénieur, préférablement en Chimie. Un supplément de formation dans le domaine biologique est très vivement souhaité. Le candidat devra être familier avec les techniques de synthèse chimique et de caractérisation physico-chimiques des molécules. Des connaissances en spectroscopie de spin sont nécessaire. De plus une ouverture d'esprit vers les applications et méthodes biochimiques sera très appréciée.
Il sera demandé au doctorant une forte autonomie dans la démarche scientifique, une réelle aptitude à l'expression orale et écrite en français et en anglais, ainsi qu'une forte capacité à interagir avec les autres membres des laboratoires, qu'ils soient ou non partie prenante du projet.

Documents à fournir

Un CV détaillé, une version numérique du rapport de Master, un relevé détaillé des notes et des classements pour les années universitaires au niveau Bac+3, Bac+4 et Bac+5, ainsi que deux lettres de recommandations de personnes susceptibles d'être contactées seront à joindre au dossier.

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