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Doctorant(e) en régulation épigénétique par des long ARN non codants (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : lundi 30 mai 2022

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Informations générales

Référence : UMR5535-SARADE-015
Lieu de travail : MONTPELLIER
Date de publication : lundi 9 mai 2022
Nom du responsable scientifique : Robert FEIL
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 septembre 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

Le/la doctorant(e) prendra part à un projet dont le but est de comprendre le rôle des long ARN non codants (lncRNAs) et des protéines liées dans l'expression allélique des gènes soumis à l'empreinte génomique, un phénomène épigénétique essentiel chez des mammifères. En parallèle, il/elle explorera comment des lncRNAs spécifiques affectent l'expression génique en conséquence aux réponses aux stress, dans des cellules souches embryonnaires et différentiées. Il/elle réalisera des analyses moléculaires, biochimiques et bio-informatiques et emploiera des techniques de génomique fonctionnelle pour ses investigations courantes dans le laboratoire.

Contexte de travail

L'Institut de Génétique Moléculaire de Montpellier (IGMM) est une unité mixte de recherche CNRS et Université de Montpellier, de 180 personnes réparties en 17 groupes de recherche, 9 services communs (dont 5 mutualisés avec d'autres unités en biologie santé du campus CNRS) et 9 plateformes technologiques et scientifiques, à la pointe de la technologie (http://biocampus.cnrs.fr), dans une atmosphère internationale. L'IGMM est un institut multidisciplinaire dont les travaux ont un impact international fondamental et appliqué en biologie moléculaire et cellulaire. L'équipe «Empreinte Génomique et Développement », dirigée par Robert Feil, s'intéresse aux mécanismes épigénétiques avec un intérêt particulier pour l'empreinte génomique et des lncRNAs, ainsi que pour la structuration de la chromatine dans des cellules vivantes. Plus d'information au lien suivant : http://www.igmm.cnrs.fr/
Nous recherchons un(e) étudiant(e) motivé(e) et dynamique, ayant de bonnes compétences en biologie moléculaire et/ou cellulaire, et de préférence avec de l'expérience pratique en bio-informatique.
Quelques publications récentes de l'équipe d'accueil:
--Noordermeer, D., Feil, R. (2020). Differential chromatin organization and gene activity in genomic imprinting. Curr. Opin. Genet. Dev., 61, 17-24.
-- Llères, D, Moindrot, B, Pathak, R., Piras, V., Matelot, M., Pignard, B., Marchand, A., Poncelet, M., Perrin, A., Tellier, V., Feil, R., Noordermeer, D. (2019). CTCF modulates allele-specific sub-TAD structuration and imprinted gene activity at the Dlk1-Dio3 and Igf2-H19 domains. Genome Biol., 20, 272.
-- Uroda, T. Anastasakou, E., Rossi, A, Teulon, JM, Pellequer, JL, Chillon, I, Marcia M. Conserved Pseudoknots in lncRNA MEG3 Are Essential for Stimulation of the p53 Pathway. Molecular Cell 75, 982-995
-- Sanli, I., Lalevée, S., Camissa, M., Perrin, A., Rage, F., Riccio, A., Llères, D., Bertrand, E., Feil, R. (2018). Meg3 long non-coding RNA expression controls imprinting by preventing transcriptional upregulation in cis. Cell reports, 23, 337-348.272.
-- Prats-Puig, A., Carreras-Badoso, G., Bassols, J., Cavelier, P., Magret, A., Sabench, C., de Zegher, F., Ibanez, L., Feil, R, Lopez-Bermejo, A (2017). The placental imprinted DLK1-DIO3 domain: a new link to pre- and postnatal growth in humans. Am. J. Obstet. & Gynecology, 217, e1-350.
-- Kota, S.K., Lleres, D., Bouschet, T., Hirasawa, R., Marchand, A., Begon-Pescia, C., Sanli, I, Arnaud, P., Journot, L., Girardot, M. and Feil, R. (2014). ICR non-coding RNA expression controls imprinting and DNA replication at the Dlk1-Dio3 domain. Developmental Cell, 31, 19-33 .

Informations complémentaires

Activités
-Culture et différentiation des cellules souches embryonnaires ; comparaison des différentes conditions physiologiques
-Analyses de l'expression génique et de la chromatine (RT-PCR, RNA-seq, ChIP-seq, etc.), traitement des données, des approches bio-informatiques. Microscopie en fluorescence pour visualiser des lncRNAs.
-Etudes fonctionnelles en utilisant des diverses technologies de CRISPR.
Compétences
Le/la candidat (e) doit avoir montré des compétences en expression génique ou l'analyse de la chromatine, et avoir d'expérience théorique et expérimentale dans les domaines de la génétique et de la biologie moléculaire avec des connaissances en transcription/chromatine et de génomique fonctionnelle. Il est souhaitable qu'il/elle soit également familier avec des approches bio-informatiques

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