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H/F Offre de Contrat doctoral: Bruit d'expression génétique dans l'espace et dans le temps

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Informations générales

Référence : UMR5535-MOULAG-004
Lieu de travail : MONTPELLIER
Date de publication : mardi 19 mai 2020
Nom du responsable scientifique : Mounia Lagha, Ovidiu Radulescu
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 octobre 2020
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

Afin de générer un organisme fonctionnel, des décisions sur le destin des cellules doivent être prises au bon endroit et au bon moment. Des décennies d'études génétiques chez la drosophile ont disséqué les réseaux de régulation des gènes responsables de l'établissement de modèles précis d'expression génique. Dans certains cas, l'architecture du réseau révèle des mécanismes de correction d'erreur. Cependant, de récentes études d'imagerie montrent que la transcription se fait de manière intermittente et aléatoire. Les détails des mécanismes de contrôle de la transcription par facteurs de transcription (TF) sont inconnus et font l'objet de cette proposition. Notre projet concerne une classe particulière de TFs appelés facteurs pionniers, comme Zelda. Pour étudier l'impact de ces facteurs sur la transcription stochastique dans des cellules uniques, nous utiliserons l'imagerie quantitative in vivo de la transcription (MS2 / MCP) combinée à une approche innovante de traitement du signal, capable de positionner dans le temps chaque événement d'initiation de polymérase pour chaque noyau. Afin de comprendre comment l'ordre émerge des événements locaux stochastiques, des modèles mésoscopiques microscopiques et à gros grains seront développés. La relation micro-méso sera rigoureusement étudiée dans le cadre des théorèmes limites des processus de Markov.

Contexte de travail

Dans un environnement fortement interdisciplinaire (nous sommes implantés dans un laboratoire de biologie et nous accueillons des mathématiciens, informaticiens, physiciens et biologistes), nos deux équipes (O.Radulescu et M.Lagha) développent des approches mathématiques, physiques et informatiques visant la compréhension de la fonction dans des systèmes biologiques. Notre objectif central est de détecter, à différentes échelles et en fonction de l'individu, les détails déterminants dans le fonctionnement cellulaire normal et pathologique. Cet objectif est essentiel pour le développement des approches thérapeutiques nouvelles contre des maladies et agents infectieux complexes. L'équipe dispose d'une infrastructure de calcul indépendante (plusieurs serveurs de calcul à 20 processeurs sous Linux) ainsi que l'accès à la plateforme de calcul intensif HPC@LR.
L'étudiant(e) sera affilié(e) à l'école doctorale I2S (Information, Structure, Systèmes).

Contraintes et risques

La partie modélisation mathematique de déroulera au sein de l'equipe de O.Radulescu (Universite de Montpellier). La partie experimentale se deroulera au sein du laboratoire de M.Lagha (IGMM, Montpellier). Une partie du projet de deroulera en collaboration avec l'equipe du Pr J.Reinitz à l'universite de Chicago que l'étudidant (e) rencontrera au cours de sa thèse.

Informations complémentaires

Une version detaillee de l'offre de these: https://ovidiu-radulescu.yj.fr/stages/PhD_CNRS_CHICAGO_long.pdf

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