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Offre de thèse (H/F). Projet ERC. Etude du développement de Pseudomonas aeruginosa PAO1 en milieux poreux

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

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Informations générales

Référence : UMR5502-YOHDAV-005
Lieu de travail : TOULOUSE
Date de publication : lundi 22 juin 2020
Nom du responsable scientifique : Yohan Davit
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 octobre 2020
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

L'objectif de ce travail de thèse est d'étudier la biophysique du développement de biofilms de Pseudomonas aeruginosa PAO1 au sein de structures poreuses.

Dans une première phase de la thèse, on développera des approches de microbiologie, de biologie moléculaire et des mesures dans des systèmes microfluidiques/microbioréacteurs pour étudier les couplages entre la croissance de biofilms et les mécanismes de transport dans des structures de type réseaux.

Dans une deuxième phase du travail de thèse, on caractérisera le colmatage généré par la matrice polymérique extracellulaire en construisant une surface de réponse de la perméabilité en fonction de différents paramètres.

Je cherche avant tout quelqu'un d'extrêmement motivé qui sera pleinement impliqué dans l'équipe de recherche du projet ERC (plusieurs thèses et postdoc en parallèle).


Activités
- Manipuler des microorganismes et réaliser des opérations de base de microbiologie.
- Biologie moléculaire et fabrication de mutants spécifiques (collaborations avec C. Roques, LGC)
- Utiliser des approches de microscopie pour visualiser la dynamique des croissance des populations, ainsi que les champs de vitesse et d'oxygène dans la structure poreuse
- Analyse les données
- Etudier la biophysique de la croissance bactérienne en milieux poreux.
- Ecrire et publier des articles.
- Collaborer avec des physiciens, mécaniciens, microbiologistes, chimistes et des collègues dans d'autres disciplines.

Formation et compétences

- Parler/écrire couramment en Anglais.
- Le candidat retenu aura une formation en microbiologie. Elle/il sera également disposé(e) à apprendre d'autres disciplines.
- Dans une certaine limite, le programme de recherche peut être adapté à l'expertise et aux intérêts du candidat.
- Je cherche quelqu'un de très motivé qui sera pleinement impliqué dans le projet.

Contexte de travail

Ce travail de thèse fait partie d'un projet européen (BEBOP, 2019-2014) financé par l'ERC. Le but de BEBOP est de déterminer si on peut utiliser les bactéries pour contrôler les propriétés de structures poreuses (par exemple la porosité ou la perméabilité). Ceci permettrait de développer une nouvelle génération de biotechnologies, tels que des matériaux de constructions auto-réparants ou des bioréacteurs autonettoyants. L'obstacle scientifique principal pour le développement d'une telle technologie est l'absence de compréhension des mécanismes biophysiques associés au développement de populations bactériennes dans des structures poreuses complexes. Ainsi, le premier objectif de BEBOP est de mieux comprendre comment l'écoulement, les phénomènes de transport et les communautés bactériennes (biofilms) interagissent au sein de structures connectées et hétérogènes. Pour répondre à ces questions, on combinera microfluidique et impression 3D de micro-bioréacteurs poreux ; imagerie par fluorescence et rayons X ; simulations numériques haut-performance qui associent CFD, modélisation cellulaire et approches de type réseaux de pores. Le second objectif de BEBOP est de créer les premiers éléments d'une théorie du contrôle des bactéries en milieux poreux et de construire un bioréacteur de démonstration.

Le laboratoire d'accueil principal est l'Institut de Mécanique des Fluides (Allée Camille Soula, 31400 Toulouse, France), qui est associé à la fois au CNRS et à l'Université de Toulouse. C'est un des plus grands laboratoire de mécanique des fluides en France, avec environ 65 chercheurs, 35 techniciens et ingénieurs, 80 thésards et 20 postdoctorants. Les domaines de recherche couvrent un gamme assez large en mécanique des fluides (biomécanique, turbulence, écoulements multiphasiques etc...). L'IMFT est considéré comme un des meilleurs laboratoires dans son domaine en France.

La thèse se déroulera en co-direction avec Christine Roques, microbiologiste au Laboratoire de Génie Chimique (LGC) à Toulouse.

Contraintes et risques

- Travailler dans un laboratoire de Niveau Sécurité Biologique 2

- Manipuler des microorganismes (bactéries et protozoaires)

Informations complémentaires

Plus d'information sur les thématiques de recherche du groupe http://yohan-davit.com

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