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ADN ancien et genomique evolutive du cheval (H/F)


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Informations générales

Référence : UMR5288-LUDORL0-002
Lieu de travail : TOULOUSE
Date de publication : mercredi 1 août 2018
Nom du responsable scientifique : Ludovic ORLANDO
Type de contrat : CDD Doctorant/Offre de thèse
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 12 novembre 2018
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 1 768,55 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

Cette bourse de these de trois ans recouvre les champs de l'ADN ancien et de la domestication, en particulier celle du cheval. Le programme de recherche s'inscrit dans le cadre du projet ERC PEGASUS (http://orlandoludovic.wixsite.com/pegasus-erc), dirige par le Professeur Ludovic Orlando. Il sera mene au sein du nouveau centre de recherches denomme AGES (Archeology, Genomics, Evolution and Societies) qui vient d'etre ouvert par ce dernier en France (http://amis.cnrs.fr/?Archaeology-Genomics-Evolution-and-Societies-AGES) a l'Universite de Toulouse (http://www.univ-tlse3.fr/home/home-page-en-379161.kjsp?RH=ACCUEIL). Les activites de recherche developpees y sont multiples, mais toutes centrees sur l'evaluation de l'impact que des transitions ecologiques, societales et culturelles ont exerce sur l'evolution humaine recente, et deploient une veritable approche interdisciplinaire integrant autant l'archeologie classique, que l'histoire et les derniers developpements methodologiques de la genomique moleculaire et computationelle. L'etude de la domestication animale, en particulier celle du cheval, et de son impact sur la trajectoire evolutive et historique des civilisations humaines represente un modele central pour le laboratoire.

Le projet vise a analyser un jeu massif de donnees de genomes complets et d'epigenomes obtenus a partir des restes archeologiques de chevaux anciens et d'animaux vivant actuellement. Le but principal sera d'identifier les changements prehistoriques et historiques ayant accompagne l'emergence et la differentiation du cheval moderne par les outils de la genomique evolutive. Ce travail s'inscrira en ligne directe de nos recents travaux demontrant que le cheval domestique moderne descend d'une vague domesticatoire qui remplaca au cours du 3eme millenaire avant notre ere les premiers chevaux domestiques de l'Age du cuivre (Librado et al. Science 2017; Gaunitz et al. Science 2018). Identifier le ou les foyers a l'origine de la vague ayant conduit a ce remplacement represente l'un des objectifs principaux de ce projet. Notre jeu de donnees inclue de nombreux (epi)genomes couvrant la periode transitionelle charniere du 3eme millenaire avant notre ere, ainsi que de tres nombreuses series populationelles jallonant les 4 derniers milliers d'annees, periode qui a connu l'emergence de tres nombreuses innovations dans l'art et les civilisations equestres. Il inclue enfin de tres nombreuses donnees d'animaux vivant actuellement, et complete ainsi tres largement nos connaissances sur la diversite genetique existant dans les populations mondiales de chevaux.

Le superviseur sera le Professeur Dr Ludovic Orlando (http://amis.cnrs.fr/?Orlando-Ludovic).

L'etudiant.e en these devra:

Conduire et effectuer le travail experimental et analytique sous-tendant son projet de recherches
Suivre des formations doctorales afin de completer sa formation
Ecrire ses articles scientifiques ainsi que son memoire de these
Participer a des conferences scientifiques
Contribuer aux diverses taches communes du groupe de recherche
Diffuser sa recherche

Des activites d'enseignements ne seront pas obligatoires, mais pourront etre ammenagees au choix du/de la candidat.e.

Contexte de travail

Qualifications

Nous recherchons un.e candidat.e tres motive.e, travailleur.se et productif.ve, a la fois capable et attire par un travail interdisciplinaire riche menee dans une equipe ou coexistent archaeologues, biologistes moleculaires, bioinformaticiens, et biologistes de l'evolution. Le.a candidat.e ideal.e devra avoir les capacites de travailler dans un environnement international et aura une expertise solide en bioinformatique et genomique computationelle et des populations, ainsi que dans les traitements de donnees genomiques telles qu'issues de plateformes Illumina de Sequencage a Haut-Debit de l'ADN. Il/Elle matrisera la programmation sous environnement Linux de type Bash, ainsi que de.s language.s de programmation tels que R, Perl et/ou Python. Il/Elle aura une connaissance pratique et theorique des approches actuelles sous-tendant l'analyse des donnees genomiques a l'echelle des populations (pour des centaines de genomes), tels que Samtools, GATK, Picard, PLINK, ANGSD, Admixtools, etc.

Contraintes et risques

Une experience internationale ainsi qu'une pratique directe des techniques d'analyse de l'ADN ancien et/ou des methodes d'usage dans l'analyse des donnees Illumina a haut debit seront considerees comme a l'avantage du/de la candidat.e.

Informations complémentaires

Criteres d'elligibilite

Un diplome de master obtenu au plus tard lors du recrutement
Le detail des notes obtenues
Des qualifications professionelles en lien avec les methodes utiles au projet
Des competences solides en bioinformatique et programmation
Un detail des autres activites professionelles effectuees
La possibilite de communiquer en Anglais (l'equipe de recherche inclue de nombreux chercheurs de toutes nationalites)

La publication d'un ou plusieurs articles scientifiques sera consideree comme a l'avantage du/de la candidat.e mais ne sera pas obligatoire.

Le dossier de candidature incluera:


Un Curriculum vitae complet
Diplomes et notes (BSc et MSc)
Une lettre de motivation
Les coordonnees de deux referents
Une validation du niveau de langue Anglaise

La candidature sera evaluee par un comite constitue de Ludovic Orlando et d'autres chercheurs de son unite. Les candidats de toute nationalite sont encourages a candidater.

Remarque

L'universite souhaite que son personnel reflete la diversite de la societe dans son ensemble et ainsi considere toutes les candidatures recues avec la plus grande attention en suivant des criteres stricts d'excellence et de competence. La capacite a s'exprimer en Anglais est indispensable pour ce projet.
Statut de l'offre

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