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ADN ancien et domestication du cheval (H/F)


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Informations générales

Référence : UMR5288-LUDORL0-001
Lieu de travail : TOULOUSE
Date de publication : mercredi 1 août 2018
Nom du responsable scientifique : Ludovic ORLANDO
Type de contrat : CDD Doctorant/Offre de thèse
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 12 novembre 2018
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 1 768,55 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

Cette bourse de these de trois ans recouvre les champs de l'ADN ancien et de la domestication, en particulier celle du cheval. Le programme de recherche s'inscrit dans le cadre du projet ERC PEGASUS (http://orlandoludovic.wixsite.com/pegasus-erc), dirige par le Professeur Ludovic Orlando. Il sera mene au sein du nouveau centre de recherches denomme AGES (Archeology, Genomics, Evolution and Societies) qui vient d'etre ouvert par ce dernier en France (http://amis.cnrs.fr/?Archaeology-Genomics-Evolution-and-Societies-AGES) a l'Universite de Toulouse (http://www.univ-tlse3.fr/home/home-page-en-379161.kjsp?RH=ACCUEIL). Les activites de recherche developpees y sont multiples, mais toutes centrees sur l'evaluation de l'impact que des transitions ecologiques, societales et culturelles ont exerce sur l'evolution humaine recente, et deploient une veritable approche interdisciplinaire integrant autant l'archeologie classique, que l'histoire et les derniers developpements methodologiques de la genomique moleculaire et computationelle. L'etude de la domestication animale, en particulier celle du cheval, et de son impact sur la trajectoire evolutive et historique des civilisations humaines represente un modele central pour le laboratoire.

Le projet vise a extraire, sequencer et analyser le genome, l'epigenome et le microbiome oral de chevaux anciens afin de mieux comprendre les modifications (pre)historiques et la trajectoire evolutive qui ont faconne le cheval moderne. Suite a nos decouvertes recentes demontrant que ce dernier descend d'une vague domesticatoire qui remplaca au cours du 3eme millenaire avant notre ere les premiers chevaux domestiques de l'Age du cuivre (Librado et al. Science 2017; Gaunitz et al. Science 2018), nous nous concentrerons sur une serie de contextes archeologiques ou des innovations technologiques dans l'art equestre et des nouvelles utilisations du cheval ont emerge. En embracant la puissance de la genomique populationelle, nous viserons (1) a identifier les changements evolutifs qui ont progressivement transforme la biologie du cheval tout au long du processus de domestication et (2) a etablir les differents caracteres qui etaient selectionne par les eleveurs de grande tradition equestre. Le superviseur sera le Professeur Dr Ludovic Orlando (http://amis.cnrs.fr/?Orlando-Ludovic).

L'etudiant.e en these devra:

Conduire et effectuer le travail experimental et analytique sous-tendant son projet de recherches
Suivre des formations doctorales afin de completer sa formation
Ecrire ses articles scientifiques ainsi que son memoire de these
Participer a des conferences scientifiques
Contribuer aux diverses taches communes du groupe de recherche
Diffuser sa recherche

Des activites d'enseignements ne seront pas obligatoires, mais pourront etre ammenagees au choix du/de la candidat.e.

Contexte de travail

Qualifications

Nous recherchons un.e candidat.e tres motive.e, travailleur.se et productif.ve, a la fois capable et attire par un travail interdisciplinaire riche menee dans une equipe ou coexistent archaeologues, biologistes moleculaires, bioinformaticiens, et biologistes de l'evolution. Le.a candidat.e ideal.e devra avoir les capacites de travailler dans un environnement international et aura une expertise solide en biologie moleculaire et genetique experimentale, ainsi que dans les outils moleculaires lies au Sequencage a Haut-Debit de l'ADN et a la genomique des populations. Il/Elle aura une experience solide et directe en biologie moleculaire, liee au methodes permettant de generer des jeux de donnees genomiques a l'echelle des populations.

Contraintes et risques

Une experience internationale ainsi qu'une pratique directe des techniques d'analyse de l'ADN ancien et/ou des methodes d'usage dans le sequencage de l'ADN a haut debit seront considerees comme a l'avantage du/de la candidat.e. Le.a candidat.e ideal.e, de maniere optionelle, sera familier des concepts de base en bioinformatique, des lignes de commande de type bash, et/ou d'un langage de programmation tel que R, Perl ou Python.

Informations complémentaires

Criteres d'elligibilite

Un diplome de master obtenu au plus tard lors du recrutement
Le detail des notes obtenues
Des qualifications professionelles en lien avec les methodes utiles au projet
Une experience de laboratoire
Un detail des autres activites professionelles effectuees
La possibilite de communiquer en Anglais (l'equipe de recherche inclue de nombreux chercheurs de toutes nationalites)

La publication d'un ou plusieurs articles scientifiques sera consideree comme a l'avantage du/de la candidat.e mais ne sera pas obligatoire.

Le dossier de candidature incluera:


Un Curriculum vitae complet
Diplomes et notes (BSc et MSc)
Une lettre de motivation
Les coordonnees de deux referents
Une validation du niveau de langue Anglaise

La candidature sera evaluee par un comite constitue de Ludovic Orlando et d'autres chercheurs de son unite. Les candidats de toute nationalite sont encourages a candidater.

Remarque

L'universite souhaite que son personnel reflete la diversite de la societe dans son ensemble et ainsi considere toutes les candidatures recues avec la plus grande attention en suivant des criteres stricts d'excellence et de competence. La capacite a s'exprimer en Anglais est indispensable pour ce projet.

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