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Doctorant (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : mardi 6 décembre 2022

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Informations générales

Référence : UMR5239-ISASER-018
Lieu de travail : LYON 07
Date de publication : mardi 15 novembre 2022
Nom du responsable scientifique : Daniel JOST
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 16 janvier 2023
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

Contexte :
À l'intérieur du noyau cellulaire, l'ADN est compacté dans une structure de type polymère appelée chromatine. La caractérisation de l'auto-organisation de la chromatine est l'un des principaux défis que la biologie a dû relever ces dernières années. Au cours de la dernière décennie, grâce au développement de techniques expérimentales avancées, des progrès majeurs ont été réalisés dans notre compréhension de l'organisation multi-échelle des chromosomes pendant l'interphase. Un nombre croissant de preuves expérimentales a suggéré que l'organisation spatio-temporelle du génome peut jouer un rôle décisif dans la régulation de l'expression des gènes et dans les maladies. Il est donc très important de mieux caractériser les mécanismes qui régissent cette organisation. En particulier, un principe conservé est le repliement du génome en boucles par des moteurs actifs de translocation tels que la condensine et la cohésine. Cependant, la nature et les conséquences de l'interaction entre ces moteurs et la chromatine restent largement inconnues.
Dans ce projet, nous voulons répondre à cette question en nous concentrant sur le complexe condensine pendant la mitose en utilisant une approche interdisciplinaire.

Sujet :
L'étudiant (H/F) développera une activité de recherche sur la modélisation du repliement et de la dynamique des chromosomes chez les eucaryotes afin de mieux caractériser le rôle des histones et des autres protéines liées à la chromatine dans la régulation de l'activité d'extrusion de boucle par la condensine. Cela impliquera le développement de modèles originaux couplant la physique statistique et la physique des polymères, de simulations numériques efficaces, et d'outils statistiques pour analyser les données expérimentales. Le projet sera réalisé en étroite collaboration avec le groupe de Pascal Bernard pour la biologie expérimentale (LBMC, ENS de Lyon) et Olivier Cuvier (CBI, Toulouse) pour l'analyse des données.

Profil :
Nous recherchons un candidat créatif et très motivé, titulaire d'un master en physique statistique ou polymère, en informatique ou en biologie computationnelle. Des compétences avancées en programmation sont requises et une expérience interdisciplinaire antérieure en lien avec des questions biologiques serait un plus.

Contexte de travail

Le candidat sera supervisé par Daniel Jost (DR CNRS) et intégrera l'équipe 'Biologie Physique de la Chromatine' qui se concentre principalement sur la compréhension des bases fondamentales de la chromatine et de la régulation des gènes en utilisant la modélisation physique et les approches computationnelles. Les recherches de l'équipe sont menées en étroite interaction avec des partenaires expérimentaux. Le groupe est intégré au sein du Laboratoire de Biologie et de Modélisation de la Cellule qui vise à caractériser les bases moléculaires sous-tendant l'organisation et le fonctionnement des processus cellulaires dans des conditions normales et pathologiques. Il est basé à l'Ecole Normale Supérieure de Lyon, un institut de recherche et d'enseignement français de premier plan.

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