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Thèse ( H/F) en biologie moléculaire végétale

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Informations générales

Référence : UMR5096-JULSAE-004
Lieu de travail : PERPIGNAN
Date de publication : mercredi 15 juillet 2020
Nom du responsable scientifique : Julio SAEZ-VASQUEZ
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 octobre 2020
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

Domaine : Biologie Moléculaire et Biochimie des Plantes

Thématique: Nouveaux rôles du nucléole et des ARNr dans la réponse aux stress environnementaux

Objectif : Mise en évidence du rôle du nucléole dans la régulation des activités cellulaires par séquestration de protéines en réponse aux stress thermiques chez les plantes

Contexte et Description: Le nucléole et les gènes d'ARN ribosomiques 45S (ADNr 45S), sont particulièrement bien connus pour leur rôle dans la biogenèse des ribosomes et par conséquent, dans la croissance et le développement des plantes. De plus, il a été mis en évidence l'importance du nucléole et des ARNr dans la rétention des protéines nucléaires en réponse aux stress dans les cellules humaines. Des protéines, se retrouvant séquestrées au sein du nucléole en réponse au stress, pourraient affecter ainsi certaines activités cellulaires. Rien n'est encore connu sur ce nouveau mécanisme de régulation « post traductionnelle » chez les plantes, ni comment ce nouveau mécanisme de séquestration pourrait impacter la résistance et l'adaptation des plantes dans un contexte de changement climatique.

Pour étudier les mécanismes de rétention nucléolaire, l'étudiant utilisera la plante modèle Arabidopsis thaliana. L'équipe dispose d'une collection de plantes mutantes pour les gènes impliqués dans la dynamique du nucléole. De plus, l'équipe a déjà mis en place la plupart des outils moléculaires et méthodologies proposés dans ce projet de thèse.

Ce projet de recherche est multidisciplinaire. Il est ainsi prévu la purification de nucléoles, l'identification des protéines par spectrométrie de masse (LC-MS/MS), la purification des protéines par chromatographie (FPLC), l'identification des ARN nucléolaires par séquençage massif (RNAseq), des études immunocytologiques pour la localisation des protéines et d'immunoprécipitacion pour la détection des complexes ribonucléoprotéiques (co-IP). Le projet fait appel à des techniques classiques pour l'analyse des acides nucléiques (PCR, RT-PCR, Primer extension, clonage et séquençage….) et des protéines (Western blot).

Contexte de travail

La thèse de doctorat est financée par une bourse du CNRS (Centre National de la Recherche Scientifique), organisme public français de recherche scientifique (http://www.cnrs.fr) et le travail réalisé dans le cadre de l'école doctorale « Energie Environnement » ED305 de l'Université de Perpignan via Domitia (https://www.univ-perp.fr) et de l'unité de Recherche LGDP – UMR 5096 (http://lgdp.univ-perp.fr/).

La thèse sera réalisé au sein de l'équipe « Le nucléole et les gènes d'ARNr » dirigé par Julio Sáez-Vásquez et co-encadre par Pascale Comella (http://lgdp.univ-perp.fr/index.php?page=equipe-4). Ce travail de thèse s'intègre dans la thématique de l'équipe et dans un projet de recherche actuellement soutenu par un financement ANR Agence National de Recherche): RiboStress.

L'équipe « Le nucléole et les gènes d'ARNr » travaille en collaboration avec des nombreux laboratoires en France, Europe et à l'étranger avec lesquels nous avons déjà publié dans des journaux internationaux à fort impact. Ces collaborations ont également permis aux étudiantes, en thèse dans l'équipe, de réaliser des séjours et d'acquérir des compétences en techniques spécifiques et une expérience à l'étranger. Plus récemment nous avons obtenu un projet Campus France Orchid (projet bilatéral avec le Taiwan) qui va nous permettre de financer le séjour de l'étudiant dans le laboratoire partenaire à Taipei.

Le candidat doit être titulaire d'un master 2 (Bac + 5) ou équivalent. Il faut des connaissances en biologie moléculaire et des compétences en techniques de manipulation des acides nucléiques et des protéines.
Langue: anglais ou français.

Contraintes et risques

Aucune

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