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Doctorat H/F : Microfluidique pour applications d'évolution dirigée

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Informations générales

Référence : UMR5031-CORAME0-007
Lieu de travail : PESSAC
Date de publication : mercredi 28 novembre 2018
Nom du responsable scientifique : Prof. Jean-Christophe BARET
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 avril 2019
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 1 768,55 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

Dans le cadre de l'ITN (Initial Training Network) EvoDrops, nous proposons un poste de thèse pour une durée de 3 ans.EvoDrops est un consortium international européen regroupant plus de 10 partenaires sur les thématiques de la microfluidique en goutte pour des applications d'évolution dirigée. Le principe de l'évolution dirigée (Prix Nobel 2018) consiste à reproduire in vitro les mécanismes de l'évolution naturelle ayant conduit à l'émergence de molécules fonctionelles efficaces dans le vivant. Pour fonctionner, l'évolution dirigée repose sur des outils de criblages à haut-débit et la microfluidique apporte ici une gamme d'outils permettant ce criblage à des cadences de plusieurs milliers de tests et sélections par seconde.

L'objet de cette thèse est la mise en place d'outils microfluidiques adaptés et optimisés par une approche rationelle pour l'évolution dirigée d'enzymes d'intérêt thérapeutique et industrielle. Une partie de la thèse se fera dans un des laboratoires partenaires (Univ. Glasgow, Laboratoire du Prof. Thomas Franke) et impliquera des interactions soutenues avec l'ensemble des membres du réseau, laboratoires académiques ou entreprises.

Le candidat doit être intéressé par une approche multidisciplinaire mélant physique, chimie, biologie et ingénierie et avoir des compétences dans un de ces domaines. Un bon niveau d'Anglais est un prérequis nécessaire, ainsi qu'un bon niveau de communication et des capacités de reporting. Le candidat ne doit pas avoir passé les dernières années en France.

Contexte de travail

Le groupe Soft Micro Systems (SMS) est dirigé par le Prof. Jean-Christophe Baret au Centre de Recherches Paul Pascal (Pessac, France). Les thématiques de recherche du groupe sont centrées sur les technologies de microfluidique pour des applications en biotechnologie et en biologie de synthèse.
Conditions : Le salaire brut mensuel est de 2 860 € (incluant la prime de mobilité).

Informations complémentaires

Références
Sequential bottom-up assembly of mechanically stabilized synthetic cells by microfluidics, M. Weiss, J. P. Frohnmayer, L. T. Benk, B. Haller, J.-W. Janiesch, T. Heitkamp, M. Boersch, R. B. Lira, R. Dimova, R. Lipowsky, E. Bodenschatz, J.-C. Baret, T. Vidakovic-Koch, K. Sundmacher, I. Platzman & J. P. Spatz, Nature Materials, 17, 89-96 (2018)
Out-of-equilibrium microcompartments for the bottom-up integration of metabolic functions, T. Beneyton, D. Krafft, C. Bednarz, C. Kleineberg, C. Woelfer, I. Ivanov, T. Vidakovic-Koch, K. Sundmacher and J.-C. Baret, Nature Communications, 9:2391 (2018)
Surfactant adsorption kinetics in microfluidics, B. Riechers, F. Maes, E. Akoury, B. Semin, P. Gruner, and J.-C. Baret, Proceedings of the National Academy of Sciences U.S.A, 113, 41, 11465-11470 (2016)
Controlling molecular transport in minimal emulsions, P. Gruner, B. Riechers, B. Semin, J. Lim, A. Johnston, K. Short, J.-C. Baret, Nature Communications, 10392 (2016)
Ultrahigh-throughput screening in drop-based microfluidics for directed evolution, J. J. Agresti, E. Antipov, A. R. Abate, K. Ahn, A. C. Rowat, J.-C. Baret, M. Marquez, A. M. Klibanov, A. D. Griffiths, and D. A. Weitz, roceedings of the National Academy of Sciences U.S.A 107 (2010) 4004

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