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Offre de thèse en inférence de réseaux épigenomiques et transcriptomiques (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

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Informations générales

Référence : UMR5004-CECABA-005
Lieu de travail : MONTPELLIER
Date de publication : lundi 6 mai 2019
Nom du responsable scientifique : Antoine MARTIN (CR CNRS, BPMP Montpellier) & Sophie LEBRE (MCF UM, IMAG Montpellier)
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 octobre 2019
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

L'inférence de réseaux de régulation est aujourd'hui une approche puissante pour comprendre le fonctionnement des systèmes biologiques, et pour en identifier les modules de régulation ou les gènes régulateurs qui ne peuvent pas être prédits par les analyses classiques. À ce jour, le niveau de connaissance issu de ces réseaux de régulation reste encore trop limité par un ensemble de contraintes expérimentales ou analytiques. Le projet de thèse propose de développer une approche de biologie des systèmes visant à dépasser les méthodes actuelles en matière de reconstruction de réseaux de régulation. Dans le cadre biologique de la réponse à une carence nutritionnelle chez Arabidopsis, l'étudiant(e), en interaction avec des biologistes et des mathématiciens, produira et intégra des données transcriptomiques et épigénomiques type cellulaire-spécifiques. Il/elle utilisera ces jeux de données à large échelle pour construire un réseau de régulation exhaustif, résolutif et dynamique, et ainsi identifier les multiples régulateurs de la réponse à une carence nutritionnelle chez les plantes. Les méthodes algorithmiques développées pourront être appliquées à d'autres modèles biologiques chez les plantes comme chez les animaux. L'étudiant(e) en thèse sera au cœur d'une interaction à la frontière entre biologie, bioinformatique et mathématiques.
L'objectif de la thèse sera in fine de parvenir à construire un réseau de régulation dynamique et multi-échelle dans le modèle d'une contrainte environnementale chez Arabidopsis, la réponse à une carence nutritionnelle. Les objectifs seront : (i) biologiques, en cherchant à mettre en évidence de nouveaux régulateurs, de nouvelles voies de régulation, dans la contrainte nutritionnelle chez les plantes, et en cherchant à faire le lien entre dynamique de l'épigénome et dynamique de l'expression du génome, et (ii) mathématiques, en cherchant à développer des méthodes algorithmiques dans l'analyse des réseaux et des données de masse. L'étudiant(e) aura donc à l'issue de sa thèse une double compétence effective en biologie et en mathématiques.

Contexte de travail

L'étudiant(e) en thèse sera au centre d'un projet multidisciplinaire réunissant des biologistes, des mathématiciens et des chimistes des interactions. Il/elle sera encadré(e) par Antoine MARTIN (CR CNRS à l'unité de Biochimie et Physiologie Moléculaire des Plantes de Montpellier) et Sophie LEBRE (MCF UM à l'Institut Montpelliérain Alexander Grothendieck) et affecté(e) à ces 2 unités de recherche. BPMP et IMAG sont des unités de recherche reconnues internationalement dans leurs disciplines respectives, et bénéficient mutuellement d'un excellent environnement de recherche pour développer des approches de biologie des systèmes chez les plantes.

Contraintes et risques

La grande majorité du travail sera effectué devant un écran.

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