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Thèse en Développement de systèmes microfluidiques pour caractériser les communautés microbiennes piégées dans les archives glaciaires H/F

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : jeudi 27 mai 2021

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Informations générales

Référence : UMR5001-VALLAN0-053
Lieu de travail : ST MARTIN D HERES
Date de publication : mercredi 21 avril 2021
Nom du responsable scientifique : DOMMERGUE Aurélien (IGE) et LAROSE Catherine (AMPERE)
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 octobre 2021
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

L'objectif principal de cette thèse est de développer un outil en microfluidique pour séparer et capturer les constituants des échantillons de glace (débris inorganiques ou cellulaires, bactéries, ADN...) pour l'analyse métagénomique des communautés microbiennes piégées dans les archives de glace.
Dans un contexte de changement global, il est essentiel d'améliorer notre compréhension du fonctionnement du système terrestre afin de mieux anticiper son évolution future. Les archives glaciaires (carottes de glace extraites aux hautes et moyennes latitudes) peuvent contribuer de manière significative à cet effort en fournissant des informations sur le climat passé, mais ont été sous-exploitées pour sonder l'évolution biologique dans le temps. À ce jour, il n'existe aucun enregistrement microbien complet à partir des carottes de glace, principalement en raison du manque de méthodes propres et rapides pour les mesurer. En développant les outils nécessaires à l'étude des communautés microbiennes piégées dans ces archives, il deviendra possible d'extraire des informations biologiques complémentaires aux mesures chimiques et physiques pour décrire les environnements passés.
Parmi les thèmes évalués comme stratégiques pour le CNRS, ce projet a été sélectionné par la Mission des Initiatives Transversales et Interdisciplinaires pour répondre à cette nouvelle question scientifique et méthodologique. Dans le cadre de l'appel à projets 80|PRIME, un soutien doctoral et financier de trois ans a été accordé à ce projet qui met en place une nouvelle collaboration entre deux laboratoires du CNRS, l'Institut des Géosciences de l'Environnement et le laboratoire Ampère.

L'objectif principal de cette thèse est de développer un outil microfluidique permettant de séparer et de capturer les constituants des échantillons de glace (débris inorganiques ou cellulaires, bactéries, ADN...) pour l'analyse métagénomique des communautés microbiennes piégées dans les archives glaciaires. Cet outil pourrait être couplé aux modules de mesures chimiques existants dédiés à l'analyse continue et à haute résolution des carottes de glace, conduisant à une compréhension plus complète de l'histoire évolutive de la Terre.
Nous recherchons un.e candidate très motivé.e, titulaire d'un master en physique et ayant une expérience en microfluidique. Une première expérience de travail à l'interface physique/biologie serait un plus. Le.la candidat.e doit être capable de s'intégrer dans des équipes de cultures différentes, avoir un goût prononcé pour l'expérimentation, être autonome et savoir prendre des initiatives.

Contexte de travail

L'Institut des Géosciences de l'Environnement (IGE) est un laboratoire public de recherche sous les tutelles du CNRS, l'IRD, l'Université Grenoble Alpes (UGA) et Grenoble-INP qui travaille sur les changements climatiques et l'anthropisation de notre planète dans les régions polaires, de montagne et la zone intertropicale, régions particulièrement sensibles et aux enjeux sociétaux majeurs.
Il rassemble environ 250 personnes dont 150 membres permanents (chercheurs.es, enseignant.es-chercheurs.es, ingénieur.es et technicien.nes) et environ 100 personnels en contrat à durée déterminée (doctorant.es, chercheurs.es et IT). Le laboratoire accueille également chaque année plusieurs dizaines de stagiaires et visiteur.ses scientifiques. Le laboratoire est installé sur deux sites du campus universitaire de Grenoble (bâtiments Glaciologie et OSUG-B - Maison Climat Planète).
L'IGE constitue l'un des principaux laboratoires de l'Observatoire des Sciences de l'Univers de Grenoble (OSUG), une structure fédérative de l'INSU.
Le.la doctorant.e effectuera la première partie de son travail au laboratoire AMPERE à Ecully, au sein de l'équipe BioIngénierie. Des déplacements fréquents seront effectués au laboratoire IGE.
Le doctorant sera placé sous la responsabilité d'Aurélien Dommergue à l'IGE et de Catherine Larose à AMPERE.

Contraintes et risques

Sans.
La recherche se fera indifféremment en français ou anglais, néanmoins il est attendu que le candidat non-francophone s'efforce d'apprendre les bases du français afin de faciliter la communication et son intégration dans le laboratoire.

Informations complémentaires

Veuillez envoyer, dans "projet de recherche" des relevés de notes et 2/3 lettres de recommandation.
Please send, in "projet de recherche",transcripts of grades and 2/3 recommendation letters.

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