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Recrute H/F pour un contrat doctoral ANR XBOX

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : lundi 1 février 2021

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Informations générales

Référence : UMR2594-ALIBOU-001
Lieu de travail : CASTANET TOLOSAN
Date de publication : lundi 11 janvier 2021
Nom du responsable scientifique : Alice Boulanger
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 avril 2021
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

Les Xanthomonas campestris (Xc) sont des bactéries phytopathogènes responsables de la nervation noire des Brassicacées sauvages (e.g. Arabidopsis) ou cultivées (e.g. choux). Au cours de son cycle de vie, Xc vit et se multiplie à la surface des feuilles (phase épiphyte) puis accède au système vasculaire végétal via les blessures ou les hydathodes (phase endophyte). Une fois dans ces tissus, les bactéries expriment des facteurs de pathogénie pour contourner l'immunité végétale, coloniser les tissus distants et de se fournir en nutriments. A ce jour, seuls quelques déterminants majeurs de l'interaction en phase endophyte ont été caractérisés. Une étude récente menée au sein de l'équipe SIX via une approche innovante appelée TnSeq (Transposon sequencing) a permis d'identifier de nouvelles bases génétiques de l'adaptation de Xc à la vie endophyte.
Dans le cadre de la thèse, des analyses de transcriptomiques in planta, de fitness et de caractérisation fonctionnelle de gènes seront réalisées dans différents compartiments de la plantes (surface de la feuille, hydathodes, mésophylle et tige) et dans plusieurs conditions ex-planta (milieu riche, milieu minimum, en sève de xylème de chou).
Ce travail permettra de capturer un instantané de la physiologie de Xc pendant l'infection des plantes et conduira à (i) la caractérisation des gènes importants pour la fitnesse bactérienne chez les plantes ; (ii) la caractérisation des régulateurs importants pour la reprogrammation transcriptionnelle de Xc tout au long du cycle infectieux ; (iii) l'identification des voies importantes pour l'adaptation de Xc à des environnements végétaux distincts.

Contexte de travail

Ce projet s'inscrit dans le cadre d'un projet ANR qui a débuté en Janvier 2020 et pour lequel de nombreuses données déjà sont déjà disponibles et en cours de valorisation. Ces données formeront le socle nécessaire au bon déroulement de la thèse. Le projet bénéficie du soutien de la plateforme de génomique et de notre service de bio-informatique. De manière plus générale, le projet fait partie de l'étude de l'adaptation de Xanthomonas campestris à son hôte et s'intègre parfaitement au sein de l'équipe SIX (Stratégies infectieuses des Xanthomonas). La réalisation du projet bénéficie du financement ANR XBOX pour la mise en œuvre des différentes expérimentations.
Le Laboratoire des interactions plantes-microbes-environnement (LIPM), UMR2594 / 441 fait partie de l'Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement. Le laboratoire est situé dans la région de Toulouse dans le sud-ouest de la France.
Plus d'informations sur l'équipe: www.xantho.fr

Informations complémentaires

Nous recherchons un/une candidate titulaire d'un Master 2 ou équivalent particulièrement intéressé par les interactions plantes-microorganismes.
Des compétences en microbiologie, génétique et biologie moléculaire, biologie végétale et statistique sous R seront indispensables.

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