Missions

L'ingénieur(e) d'études recruté(e) contribuera à remplir les objectifs de notre équipe en termes d'analyse bioinformatique de données de séquençage de nouvelle génération.

Activités

La personne recrutée sera responsable de la réalisation d'analyses bioinformatiques de données de séquençage de nouvelle génération portant sur la méthylation de l'ADN et les modifications post-traductionnelles des histones (générées par « Enzymatic Methylation sequencing » et « Cut&Tag sequencing », respectivement).

Ceci impliquera notamment la quantification de ces mécanismes épigénétiques dans l'ensemble du génome et la réalisation d'analyses différentielle entre groupes de réplicats biologiques.

Dans un second temps, il ou elle sera amené(e) à réaliser des analyses intégratives et de biologie des systèmes, qui consisteront à construire des réseaux de co-expression génique, puis à annoter ces réseaux et les modules qui les composent, en utilisant les résultats de nos analyses différentielles, des groupes de gènes impliqués dans des fonctions biologiques spécifiques, ou encore les résultats d'études des polymorphismes génétiques associés chez l'homme aux pathologies psychiatriques.

Compétences

- Une expérience préalable dans la recherche en bioinformatique est nécessaire (niveau master au minimum).

- Une expérience préalable dans l'utilisation des langages R ou Python (de préférence R) est nécessaire, ainsi que des connaissances en biologie.

- Une expérience dans certains des domaines suivants est également souhaitée :
(i) traitement et analyse de données transcriptomiques ;
(ii) utilisation d'un centre de calcul et d'un gestionnaire de tâches ;
(iii) utilisation d'environnements virtuels ;
(iv) utilisation de pipelines d'analyses standardisés et reproductibles.

- Faire preuve d'autonomie et d'organisation.

- Aptitude à travailler en équipe avec les personnels du laboratoire impliqués dans ce projet.

Contexte de travail

La personne recrutée rejoindra l'Institut des Neurosciences Cellulaires et Intégratives (INCI), une unité de recherche propre du CNRS (UPR3212). L'institut, situé en centre-ville, est facile d'accès en transports en commun, avec un restaurant universitaire à proximité. La personne recrutée intégrera l'équipe « Douleur et Psychopathologie » composée en moyenne d'une vingtaine de personnes. Notre équipe entretient des collaborations nationales et internationales nombreuses, avec des partenaires en particuliers hospitaliers. Elle participera au projet « Organisation topologique des effets épigénomiques des opioïdes ». Notre institut offre un environnement de travail stimulant, convivial et international, puisque de très nombreuses nationalités sont représentées.

Contraintes et risques

Les contraintes sont celles liées au travail sur ordinateur. Il n'y aura pas d'astreintes ni de travail en horaires décalés.