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Portail > Offres > Offre UMS3601-VALSAI-036 - Ingénieur(e) en développement et déploiement d'applications H/F

Ingénieur(e) en développement et déploiement d'applications H/F


Date Limite Candidature : jeudi 29 juillet 2021

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Informations générales

Référence : UMS3601-VALSAI-036
Lieu de travail : EVRY COURCOURONNES
Date de publication : jeudi 8 juillet 2021
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 septembre 2021
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : A partir de 2151,31€ brut selon experience
Niveau d'études souhaité : Bac+5
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

L'IFB recrute un développeur Open Data pour soutenir la communauté scientifique dans ses démarches de développement de ressources bioinformatique plus facilement découvrables sur le web et réutilisables (principes FAIR). Le partage cohérent de données et d'outils bioinformatiques passe par l'adoption des standards de métadonnées interopérables tels que Bioschemas (http://Bioschemas.org). On peut ainsi automatiquement indexer ces ressources et fournir des moteurs de recherche (e.g. FAIDARE, OrphaNET) valorisant des ontologies issues de la communauté scientifique. Bioschemas est une initiative internationale qui vise à faciliter la découvrabilité sur le web des ressources numériques en sciences de la vie telles que bases de données, logiciels d'analyse, matériel de formation, mais également des entités biologiques comme des gènes ou des protéines.
Le candidat sera en charge de:
développer un outil logiciel d'extraction de métadonnées Bioschemas et d'assemblage de jeux de données ouverts et requêtables suivant les standards du web sémantique.
proposer un catalogue de requête combinant des méta-données Bioschemas de différente nature (e.g. entités biologiques, matériel de formation, algorithmes et workflows, etc.).
L'ensemble de ces missions seront menées dans un environnement collaboratif et international, une bonne maîtrise de l'anglais et de bonnes capacités de communication et de travail en équipe sont essentielles.

Activités

Faciliter le déploiement des standards Bioschemas au sein des outils FAIDARE, Orphanet, Bio.Tools en lien étroit avec les équipes de développement.
Concevoir, développer, étendre, des outils de moissonnage automatique (crawlers) de métadonnées et proposer des requêtes combinant plusieurs types de métadonnées au service des communautés de l'IFB.
Participer à la vie du projet open source Bioschemas (site web, GitHub) et au développement de ses standards en lien avec Schema.org, dans le cadre de l'infrastructure européenne Elixir.

Compétences

Formation
Informaticien de niveau minimum Bac + 5 (Master, Master Pro, ingénieur, ...) ou expérience équivalente.
Une formation de bioinformaticien avec une forte composante en développement logiciel pourra également convenir.
Expérience
De très bonnes connaissances en développement logiciel sont attendues. Une expérience en développement web ou de base de données est un plus. Une expérience dans le développement collaboratif de ressources ouvertes est également un plus.
Connaissances et aptitudes professionnelles
Capacités d'abstraction et de modélisation
Conception et qualité logicielle (Model/Test Driven Development)
Maîtrise d'un des langages de programmation: Java, Python
Connaissance de git pour le développement collaboratif
Intérêt pour les bonnes pratiques, et les approches "intégration continue"
Connaissance des formats et protocoles d'échange de données sur le web (e.g. JSON, JSON-LD, YAML, HTTP)
Capacité de synthèse et rédactionnelle, curiosité, initiative, sens de l'organisation et du travail en équipe
Bonne maîtrise de l'anglais oral et écrit
Capacités de travail à distance
Connaissances additionnelles appréciées
modélisation et représentation des connaissances
standards et technologies du web sémantique (OWL, RDF, JSON-LD)

Contexte de travail

L'Institut Français de Bioinformatique (IFB ; france-bioinformatique.fr) est une infrastructure nationale en biologie-santé qui fédère 35 plateformes régionales et équipes associées, ainsi qu'une unité coordinatrice, IFB-core (UMS CNRS 3601). L'IFB est également le nœud français de l'Infrastructure de Recherche européenne en bioinformatique ELIXIR (ESFRI).

L'IFB a pour missions : (1) de mettre en place un service national en bioinformatique, accessible à tous les chercheurs en sciences du vivant, sous la forme d'une infrastructure environnée (stockage, calcul, environnement logiciel, bases de données, serveurs Web nationaux, support aux usagers, accompagnement de projets, formations, …) ; (2) de répondre à l'évolution rapide des technologies et des besoins ; (3) d'anticiper les futurs développements du domaine ; (4) d'assurer la représentation des services bioinformatiques français au niveau international ; (5) de favoriser l'engagement des communautés des sciences du vivant dans les projets nationaux et internationaux associés à la bioinformatique ; (6) d'assurer le transfert des connaissances et technologies entre les laboratoires de recherche français et le monde industriel; (7) d'assurer le lien entre les activités des bioinformaticiens Français et celles de l'infrastructure européenne ELIXIR.

Dans le cadre de ces missions, l'IFB (www.france-bioinformatique.fr) participe à l'initiative internationale Bioschemas, qui vise à faciliter la découverte et l'indexation des données, outils logiciels, matériels de formations, entités biologiques dans le domaine des sciences de la vie.
La personne recrutée sera affectée à l'UMS CNRS 3601 IFB-core (le poste est donc affiché sur Evry pour des raisons administratives), mais sera accueillie sur l'un des sites d'implantation de l'IFB suivants: Plateforme BiRD (Nantes). La personne s'intégrera dans son équipe d'accueil, et participera aux groupes de travail de l'IFB pertinents pour sa mission. Le travail sera réalisé sur site et en télétravail. Le travail nécessitera des déplacements occasionnels en France et à l'étranger pour participer à des réunions de travail, des formations ou des événements scientifiques.

Contraintes et risques

Ce poste nécessitera des déplacements occasionnels en France et à l'étranger pour des réunions de travail sur Bioschemas.

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