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Ingénieur de Recherche en courtage des données/ Data data brokering H/F


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Informations générales

Référence : UMS3601-VALSAI-019
Lieu de travail : EVRY COURCOURONNES
Date de publication : lundi 27 juillet 2020
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 novembre 2020
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2471,46 et 3164,17€ bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Bac+5
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

- Evaluer les besoins en courtage de données des différentes communautés d'utilisateurs et plateformes de l'infrastructure IFB.
- Collecter les informations concernant les standards internationaux en matière de métadonnées pour les données de bioinformatique.
- Interagir avec les infrastructures nationales de biologie-santé pour identifier les métadonnées appropriées aux différents types de données de leur domaine.
- Interagir avec les dépôts nationaux et internationaux pour définir les standards d'annotation et les procédures de soumission des données et métadonnées.
- Concevoir, mettre en oeuvre et maintenir sur l'infrastructure IFB des procédures de préparation des données et des métadonnées d'un projet de recherche pour préparer et faciliter leur publication dans les dépôts nationaux et internationaux en garantissant leur sécurité et l'adoption de bonnes pratiques de gestion (adoption des principes “FAIR”).
- Assurer la documentation et l'accompagnement des utilisateurs de l'infrastructure IFB pour l'adoption de ces nouvelles procédures à travers la conception et la réalisation de tutoriaux et formations.

Activités

Réaliser des études pilotes pour évaluer les besoins des communautés d'utilisateurs de l'IFB
Concevoir et proposer des procédures de gestion de données adaptées sous forme de Preuve de concept et en se basant sur les usages et standard de chaque communauté concernée
Piloter et réaliser le développement et l'implémentation de ces procédures en proposant les solutions techniques garantissant la sécurité du système et respectant les principes “FAIR” de gestion de données
Documenter et proposer des formations et tutoriaux pour accompagner les utilisateurs de l'infrastructure IFB à l'adoption de ces nouvelles pratiques

Compétences

Connaissances

- Ingénieur ou docteur en informatique ou bioinformatique
- Connaissance des Systèmes d'Information et de gestion des données
- Connaissances de la “Science des données” et des principes “FAIR”, en particulier dans le domaine de la gestion et de l'analyse des données “omiques”.
- Outils numériques de la science “reproductible” : Docker, Singularity, Git, Jupyter,, Snakemake
- Outils numériques de la formation
- Techniques de présentation écrite et orale
- Usage courant des langues française et anglaise (oral et écrit)

Compétences opérationnelles

- Piloter un projet
- Interagir avec un réseau large d'interlocuteurs de compétences et disciplines variées
- Jouer un rôle de conseil ou d'aide à la décision
- Accompagner et conseiller
- Compétences comportementales
- Capacité d'adaptation et de communication
- Sens de l'organisation
- Capacité d'écoute
- Déplacements fréquents à prévoir (national, international)

Contexte de travail

L'Institut Français de Bioinformatique (IFB) est une infrastructure nationale de support à la recherche, qui regroupe 31 plateformes de bioinformatique réparties sur le territoire, et une unité coordinatrice, IFB-core (UMS 3601, CNRS). Les missions principales de l'IFB sont les suivantes.
Assurer le déploiement d'une infrastructure physique et logicielle de services en bioinformatique.
Offrir un appui aux programmes de recherche en biologie, santé, environnement, biotechnologies et agronomie, via une expertise et des compétences mutualisées.
Proposer des formations continues en bioinformatique pour biologistes et bioinformaticiens.
Développer une vision stratégique pour maintenir la France au plus haut niveau d'expertise pour l'analyse des données biologiques, et donner accès aux technologies de pointe dans le domaine bioinformatique.
Développer des outils innovants pour répondre aux défis de la bioinformatique intégrative.
Servir de levier pour la conception et la mise en œuvre de projets de recherche nationaux ambitieux.
Assurer la représentation internationale de la communauté bioinformatique française, en particulier au sein du réseau européen ELIXIR (https://www.elixir-europe.org/) et notamment dans la tâche 1.2 du projet Elixir-CONVERGE.

Parmi les activités stratégiques que souhaite développer l'IFB figure la mise en place d'un service de courtage de données (“data brokering”) en partenariat avec les infrastructures nationales productrices de données (France Génomique, France Bio Imaging, MetaboHub, PROFI, ...) et les ressources internationales d'archivage de données, en particulier, l'European Nucleotide Archive (ENA) de l'European Bioinformatics Institute (EBI). Ce courtage des données s'insérera dans le cadre d'un nouveau projet de l'IFB visant à assurer l'orchestration des flux de données tout au long de la vie des projets de recherche, depuis leur production jusqu'à leur valorisation dans les banques de données internationales, en passant par les chaînes de traitement et d'analyse, et en établissant des liens avec les informations contenues dans le Plan de Gestion de Données (PGD). Ceci nécessite la conception, le développement et la mise en oeuvre d'un panel d'outils et procédures documentées permettant aux utilisateurs d'anticiper le dépôt des données et métadonnées de leurs projets, en s'appuyant sur les standards internationaux du domaine, de valider la cohérence entre données et métadonnées et d'effectuer leur soumission aux entrepôts nationaux (“dataverses” institutionnels) et internationaux (banques de données spécialisées). Une attention particulière devra être portée à la mise en oeuvre de bonnes pratiques de gestion et traitement des données de la recherche, dans un esprit de respect et mise en oeuvre des principes “FAIR” (Facile à trouver, Accessible, Interopérable et Réutilisable). Le candidat recruté devra implémenter les solutions logicielles, superviser la mise en place du service de courtage de données en partenariat avec les infrastructures productrices de données, les communautés d'utilisateurs et les plateformes régionales de l'IFB. Il devra aussi s'impliquer dans l'accompagnement des utilisateurs pour la diffusion et l'appropriation large des nouvelles procédures à travers la conception et réalisation de formations et tutoriaux. Il sera amené à travailler en étroite collaboration avec l'ENA, et à effectuer des missions à l'EBI (Hinxton, Royaume-Uni) et éventuellement sur les sites d'autres dépôts internationaux de données.
L'agent sera hébergé par l'une de nos plateforme en région parisienne.

Contraintes et risques

- Effectuer des déplacements en France pour interagir avec les différents acteurs impliqués (infrastructures nationales, plateformes IFB, communautés d'usagers).
- Effectuer des séjours à l'étranger pour collaborer avec les dépôts internationaux de données (en particulier l'ENA à l'EBI).

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