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Ingénieur-e de recherche : Développement d'une infrastructure interopérable de données et de connaissances en santé H/F


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Informations générales

Référence : UMS3601-VALSAI-003
Lieu de travail : ILLKIRCH GRAFFENSTADEN
Date de publication : mardi 4 décembre 2018
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 2 janvier 2019
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Entre 2423,47 et 2612,16 € bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Bac+5
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

- Institut Français de Bioinformatique (IFB) -

Dans un contexte fortement interdisciplinaire, et en collaboration avec les ingénieurs, chercheurs et cliniciens du projet, l'ingénieur(e) recruté(e) aura pour objectif de développer une infrastructure sécurisée de données liées (Linked Data) et de constituer une base de connaissances intégrant des données cliniques, de génomique, et d'imagerie. L'accent sera mis sur la réalisation d'une infrastructure générique, modulaire et portable sur les ressources de l'IFB et réutilisable par l'ensemble de la communauté biomédicale.

Activités

• Sélectionner et étendre si nécessaire les vocabulaires contrôlés et ontologies pertinentes
• Proposer un catalogue de requêtes (SPARQL) sur les jeux de données alignés
• Développer des APIs REST sécurisées qui encapsulent ces requêtes et rendent possible l'exploitation statistique des données (apprentissage automatique)
• Déployer sur le cloud de l'IFB cette infrastructure de données

Compétences

Le profil attendu :

Formation : doctorat en informatique ou bio-informatique

Expérience des méthodologies de développement logiciel, et d'au moins un langage de programmation tel que Java ou Python

Maîtrise des concepts et technologies des bases de données, du Web Sémantique et des technologies Web

Maîtrise de la FAIRification des données.

Des notions en apprentissage automatique seraient un plus

Maîtrise de l'anglais oral et écrit

Capacité de synthèse et rédactionnelle, curiosité, initiative, sens de l'organisation et du travail en équipe

Contexte de travail

L'Institut Français de Bioinformatique (IFB) est l'infrastructure nationale de service en bioinformatique. Elle mutualise, soutient et coordonne le développement des ressources et des activités de support à la recherche de plateformes de bioinformatique dépendant d'organismes publics de recherche (CNRS, INRA, INRIA, CEA et INSERM), des universités, du CIRAD, Instituts Pasteur et Curie.

L'ingénieur-e travaillera au sein de l'une de nos 32 plateformes IFB, la plateforme BISTRO situé à Strasbourg.

Des déplacements réguliers sont à prévoir sur le site de Nantes (collaborateurs du projet).

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