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Développement d'outils Galaxy pour le Pôle national de données de Biodiversité (H/F)


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Informations générales

Référence : UMS3468-CECCAL-002
Lieu de travail : PARIS 05
Date de publication : jeudi 23 juillet 2020
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 6 mois
Date d'embauche prévue : 1 septembre 2020
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2151 à 2272 euros bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Bac+4
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

Développer des outils Galaxy principalement à partir de scripts R existants ou à créer. Les outils à intégrer concerneront notamment 1/ la création d'indicateurs de biodiversité à partir de données de Biodiversité et 2/ l'analyse conjointe de données de biodiversité et environnementales / climatiques dans le cadre de modélisations de niche.

Activités

• Développement d'outils Galaxy à partir de scripts R
• Création de matériel de formation en e-learning via l'infrastructure « Galaxy Training Material »

Compétences

• Connaissance de l'environnement linux en ligne de commande
• Maîtrise du langage R
• Expérience souhaitée de l'environnement Galaxy et des bonnes pratiques d'intégration d'outils
• Connaissance de plateformes de développement logiciel de type GitHub
•Votre intérêt pour le domaine d'application, l'écologie, et une expérience en analyse de données protocolées sera apprécié

Contexte de travail

La personne sera recrutée dans l'UMS 3468 « Bases de Données sur la Biodiversité, Écologie, Environnement et Sociétés (BBEES) » (Institut Ecologie et Environnement du CNRS, Muséum national d'Histoire naturelle), située au Jardin des Plantes (Paris, 5ème).
La localisation effective du poste sera la station biologique de Concarneau, du Muséum ; dans ce cadre, l'agent sera placé sous la responsabilité scientifique du chargé de mission PNDB. Des déplacements sur Paris seront à prévoir pour des réunions de travail sur les systèmes d'information nationaux de données de Biodiversité (notamment INPN, SIB et GBIF), en lien avec le projet EOSC-Pillar et avec les collègues impliqués dans le projet PNDB

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