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Ingénieur-e d'études en Bioinformatique - Analyse de données de séquençage H/F


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Informations générales

Référence : UMS3426-EDIDEM0-021
Lieu de travail : MONTPELLIER
Date de publication : jeudi 16 juillet 2020
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 octobre 2020
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Entre 2 109 et 2 228 € brut mensuel selon expérience
Niveau d'études souhaité : Bac+3
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

La personne recrutée assurera, après une formation interne, le contrôle qualité des données NGS et réalisera des analyses bioinformatiques et biostatistiques des données produites sur la plateforme en suivant les pipelines existants. Elle pourra également être amenée à faire évoluer les pipelines existants ou à mettre en place de nouvelles analyses.
La personne recrutée participera à la démarche qualité ISO9001.

Activités

- Recueillir les données de séquençage haut débit et contrôler leur qualité ;
- Réaliser des analyses bioinformatiques et statistiques de données de séquençage haut débit ;
- Rédiger des rapports destinés aux clients sur l'analyse qualité, le traitement bioinformatique et l'analyse statistique des données ;
- Rédiger des matériels et méthodes ainsi que déposer les éléments nécessaires dans des bases de données publiques en vue de leur publication ;
- Gérer des projets clients et conseiller ces derniers.

Compétences

Savoir-faire :
- Langages : R, Perl et/ou Python, bash, LaTeX
- Analyse de données de séquençage
- Connaissances générales dans le domaine de la biologie moléculaire
- Unix, Linux
- Savoir analyser les besoins des utilisateurs
- Assurer la veille technologique dans le domaine
- Anglais scientifique écrit, oral

Savoir-être :
Nous recherchons un(e) candidat(e) dynamique et très motivé(e), aimant communiquer, rigoureux(se) dans le travail, ayant le sens de l'organisation et qui sache faire preuve d'autonomie.

Contexte de travail

BioCampus Montpellier (www.biocampus.cnrs.fr) est une unité mixte de service regroupant 14 plateformes technologiques en sciences du vivant. L'unité comprend 51 agents qui lui sont directement affectés mais 230 personnes au total travaillent sur les plateformes technologiques de BioCampus.

La plateforme MGX-Montpellier GenomiX (www.mgx.cnrs.fr), située à l'Institut de Génomique Fonctionnelle, propose aux laboratoires académiques et aux sociétés de biotechnologie des services dans le domaine de la génomique : (re)séquençage de génomes complets ou de régions ciblées, analyses transcriptomiques, y compris sur cellules uniques, détermination de la structure et de la dynamique chromatinienne, analyses épigénétiques, génotypage. Elle offre également un service complet pour l'analyse des données : identification de gènes différentiellement exprimés, cytosines différentiellement méthylées, régions enrichies dans les données de ChIP-seq, variants statistiquement significatifs, contextualisation fonctionnelle des données.
MGX est certifiée ISO9001, labellisée par IBiSA, par le Cancéropôle Grand Sud-Ouest et fait partie de l'infrastructure nationale France Génomique.

L'ingénieur(e) travaillera en interaction avec :
- les bioinformaticiens de la plateforme
- les biologistes de la plateforme
- les utilisateurs extérieurs.

La personne recrutée travaillera avec et sous la responsabilité de deux ingénieurs d'études.

Contraintes et risques

Travail principalement devant écran d'ordinateur.

Informations complémentaires

Formation souhaitée : Master de bioinformatique ou biostatistiques ou équivalent

Dépôt des candidatures avant le vendredi 14 aout.

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