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Ingénieur BioInformatique - Analyse de données de séquençage H/F


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Informations générales

Référence : UMS3426-EDIDEM0-008
Lieu de travail : MONTPELLIER
Date de publication : mardi 23 avril 2019
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 juillet 2019
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Entre 1790 € et 1944 € net mensuel selon expérience
Niveau d'études souhaité : Bac+5
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

La personne recrutée assurera, après une formation interne, le contrôle qualité des données NGS et réalisera des analyses bioinformatiques et biostatistiques des données produites sur la plateforme en suivant les pipelines existants. Elle pourra également être amenée à faire évoluer les pipelines existants ou à mettre en place de nouvelles analyses.
La personne recrutée participera à la démarche qualité ISO9001.

Activités

- Recueillir les données de séquençage haut débit et contrôler leur qualité ;
- Réaliser des analyses bioinformatiques et statistiques de données de séquençage haut débit ;
- Rédiger des rapports destinés aux clients sur l'analyse qualité, le traitement bioinformatique et l'analyse statistique des données ;
- Rédiger des matériels et méthodes ainsi que déposer les éléments nécessaires dans des bases de données publiques en vue de leur publication ;
- Gérer des projets clients et conseiller ces derniers.

Compétences

Savoir faire :
- Langages : R, Python ou Perl, bash, latex
- Analyse de données de séquençage
- Connaissances générales dans le domaine de la biologie moléculaire
- Unix, Linux
- Anglais écrit, oral

Savoir être :
Nous recherchons un(e) candidat(e) dynamique et très motivé(e), aimant communiquer, rigoureux(se) dans le travail, ayant le sens de l'organisation et qui sache faire preuve d'autonomie.

Contexte de travail

BioCampus Montpellier (www.biocampus.cnrs.fr) est une unité mixte de service regroupant 13 plateformes technologiques en sciences du vivant. L'unité comprend 47 agents qui lui sont directement affectés mais 220 personnes au total travaillent sur les plateformes technologiques de BioCampus.

La plateforme MGX-Montpellier GenomiX (www.mgx.cnrs.fr), située à l'Institut de Génomique Fonctionnelle, propose aux laboratoires académiques et aux sociétés de biotechnologie des services dans le domaine de la génomique : (re)séquençage de génomes complets ou de régions ciblées, analyses transcriptomiques, y compris sur cellules uniques, détermination de la structure et de la dynamique chromatinienne, analyses épigénétiques, génotypage. Elle offre également un service complet pour l'analyse des données : identification de gènes différentiellement exprimés, cytosines différentiellement méthylées, régions enrichies dans les données de ChIP-seq, variants statistiquement significatifs, contextualisation fonctionnelle des données.
MGX est certifiée ISO9001, labellisée par IBiSA, par le Cancéropôle Grand Sud-Ouest et fait partie de l'infrastructure nationale France Génomique.

L'ingénieur(e) travaillera sur la plateforme MGX en interaction avec :
- les bioinformaticiens de la plateforme
- les biologistes de la plateforme
- les utilisateurs extérieurs.

Les personnes recrutées travailleront avec et sous la responsabilité de deux ingénieurs d'études.

Contraintes et risques

Contraintes de continuité de service.

Informations complémentaires

Date limite de dépôt des candidature le 27/05/19 à 9h.

Prise de fonction soit au 1er juillet 2019 soit après la date d'obtention du master si la personne sélectionnée n'est pas encore diplômée.

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