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Bioinformaticien(ne) en développement de pipelines NGS-RNA-seq H/F


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Informations générales

Référence : UMR9198-DANGAU-001
Lieu de travail : ORSAY
Date de publication : vendredi 8 novembre 2019
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 36 mois
Date d'embauche prévue : 1 janvier 2020
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : salaire brut mensuel de 1970€ à 2330€ selon expérience
Niveau d'études souhaité : Bac+5
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Implémenter, utiliser et maintenir des pipelines d'analyse de données NGS développés par l'équipe.

Activités

- Contribuer au développement des logiciels et pipelines d'analyse (voir par ex. https://github.com/Transipedia/dekupl).
- Participer à des projets d'analyse de données RNA-seq à l'aide d'outils standards et développés par l'équipe.
- Mettre en place les bonnes pratiques de développement permettant de faciliter la maintenance des outils publiés
- Veiller au respect des principes d'accessibilité, d'interopérabilité et de portabilité des données et outils.
- Interagir et apporter un soutien technique à l'ensemble de l'équipe.
- Assurer une veille technologique et conseil pour les bonnes pratiques en bioinformatique.

Compétences

- Maîtrise de plusieurs langages de script et de programmation parmi bash, C/C++, Perl, Python, R.
- Maîtrise des outils de versioning et développement collaboratif (Git, GitHub)
- Connaissance des outils de déploiement et de virtualisation (Bioconda, Docker, Singularity).
- Pratique de gestionnaires de workflow
- Pratique du calcul distribué sur cluster.
- Maîtrise de l'anglais pour l'interaction avec les étudiants non francophones et la rédaction de documentations
- Une pratique d'outils statistiques (DESeq2, edgeR) et de bibliothèques de data science telles que Scikit-learn ou Caret serait un atout supplémentaire.

Contexte de travail

L'I2BC est un institut de recherche récemment créé de l'Université Paris-Saclay, constitué de 70 équipes. La recherche à l'I2BC couvre une variété de thématiques de biologie intégrative (biophysique, biochimie, biologie structurale, biologie des génomes, biologie cellulaire, microbiologie, virologie, bio-informatique).

L'ingénieur(e) travaillera au sein d'une équipe de 8 bioinformaticiens (dont 3 doctorants) consacrée à l'étude des transcriptomes humains et bactériens, avec un intérêt particulier pour les ARN non codants (lncRNA, small RNAs) et transcrits alternatifs (variants d'épissage).

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