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Ingénieur(e) de recherche en bioinformatique H/F


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Informations générales

Référence : UMR9198-CHROUL1-013
Lieu de travail : GIF SUR YVETTE
Date de publication : jeudi 7 février 2019
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 avril 2019
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Salaire brut mensuel entre 2470€ et 2850€ selon expérience
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

Au sein de la plateforme de séquençage de l'I2BC et sous la responsabilité du directeur scientifique, l'ingénieur-e expert-e en calcul scientifique coordonnera la réalisation bioinformatique des projets de séquençage et le développement de nouveaux outils bioinformatiques permettant d'améliorer le traitement des projets.

Activités

- Organiser et piloter la partie bioinformatique des projets en veillant à l'interaction entre les biologistes et les bioinformaticiens de la plateforme et en coordonnant leurs relations avec les utilisateurs
- Concevoir et conduire des développements bioinformatiques innovants dans le traitement des données de génomique et dans les techniques de séquençage, en relation avec les projets des utilisateurs
- Assurer la veille technologique sur l'analyse des données issues du séquençage
- Participer à la valorisation des résultats et des réalisations du groupe par des rapports, séminaires, et publications
- Contribuer au co-encadrement ou à la formation d'étudiants et de chercheurs de l'unité
- Participer à la mise en place et à la rédaction de demandes de financement
- Participer aux réseaux de métiers nationaux
- Participer au suivi de la certification qualité en lien avec la responsable qualité de la plateforme

Compétences

- Expérience approfondie en gestion de grands volumes de données, avec au moins 3 à 5 ans d'activité en génomique et traitement des données NGS
- Maîtriser parfaitement Unix/Linux, R, et plusieurs langages de programmation (par exemple : Python, BioPython, Perl, BioPerl, C++, etc.)
- Connaissances en gestion et administration de bases de données
- Maîtriser le domaine de la biologie moléculaire
- Management de projet en équipe
- Capacité à élaborer des outils d'analyse et de synthèse
- Sens du relationnel et du travail en équipe
- Organiser et animer des réunions
- Communiquer et gérer les relations entre les différents interlocuteurs au sein de l'équipe et avec les utilisateurs de la plateforme
- Diffuser et valoriser les résultats
- Maîtrise de l 'anglais écrit et parlé

Contexte de travail

La plateforme de séquençage est située sur le campus CNRS de Gif sur Yvette au sein de l'Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC). Cet Institut est une Unité Mixte de Recherche (CEA, CNRS, Université Paris Sud) constituée de 70 équipes de recherche et de 14 plateformes technologiques normées et/ou labélisées.
La plateforme est totalement ouverte aux communautés académique et industrielle et réalise une grande variété de projets de génomique : DNA-seq, RNA-seq, small RNA-seq (technologie Illumina), et depuis peu le séquençage direct d'ADN et d'ARN avec le séquenceur GridION (technologie nanopore). Elle assure la conception et le suivi des projets et traite plus de 130 projets/an. La plateforme est certifiée ISO9001 depuis 2015 et NFX-50-900 depuis 2017.
La plateforme est composée de deux groupes : d'une part un groupe de biologie moléculaire réalisant pour chaque projet les contrôles de qualité, le traitement des échantillons, le séquençage ainsi que des développements technologiques ; d'autre part un groupe de bioinformatique réalisant l'ensemble des analyses et des développements bioinformatiques concernant les projets traités par la plateforme. Les activités du groupe bioinformatique comportent essentiellement des analyses sur devis et des développements technologiques pour le traitement et l'analyse des données de séquençage, et dans certains cas des activités de soutien aux équipes de recherche ainsi que des analyses bioinformatiques spécifiques pour des projets collaboratifs mis en place avec les équipes.

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